為因應武漢肺炎疫情全球擴散帶來的經濟衝擊，總統蔡英文12日午間邀政院正副院長、相關部會首長、國安會成員舉行「國安高層會議」。蔡做出5項指示，除600億紓困預算外，再準備近400億經費投入紓困與振興計畫、最短時間落實政府部門投資與採購，維持匯市及股市動能。
蔡英文聽取政院及各部會應變準備後表示，因為防疫的超前部署，所以國內疫情管控良好；但因應疫情帶來的經濟衝擊，政府更必須超前部署，強化短期經濟動能，維持台灣經濟活力。
蔡英文在會中做出5項指示：
1、落實600億防疫特別預算：目前防疫與紓困振興條例已經立法完成，特別預算也正由立法院進行審議，600億受衝擊產業紓困預算應確實執行。
2、政府各部門既有預算及基金移緩濟急：除600億紓困預算外，總統指示，彙整政府預算以緩濟急及各項基金的支出，如：就業安定基金、觀光發展基金等，約有近400億經費可投入紓困與振興計畫。
3、最短時間落實政府部門投資與採購，加速擴大內需：請行政院清查公部門各機關及國營事業，除緊盯前瞻基礎建設計畫進度外，就公共建設、政府採購、與包含長照幼托等公共服務的部分，以及國防產業及相關採購等，加大加速進行，以最高的效率、最短的時間落實各項擴大內需計畫。
4、全力協助民間加速投資，維繫經濟動能與活力：除了公部門投資加速之外，也應大力促進民間部門投資，總統指示相關部會確實執行台商回流及投資台灣方案，全力協助企業排除投資障礙，維繫民間投資動能及總體經濟活力。
5、全力穩健金融市場，維持匯市穩定與股市動能：國內經濟基本面尚屬良好且資金充足，為避免疫情變化造成心理面影響，請財政部、金管會、中央銀行等各部會密切觀察國際金融市場，特別是美國股市的情勢，即時因應，全力維持匯市穩定與股市動能。
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