民進黨完全執政，準備透過修法，將政府早年捐助的社團法人與財團法人主導權奪回，繼財團法人台灣血液基金會被指控為國民黨「附隨組織」後，行政院發言人徐國勇27日在「行政立法協調會」會後記者會，也將矛頭指向蔣經國基金會，強調當初係政府捐贈成立，後來卻逐漸脫離政府掌控，教育部方面表示，「該基金成立過程，的確是部分政府捐助、部分自籌」，該基金會成立以後，陸續獲得企業界捐款，因此張忠謀、王雪紅、徐旭東等企業界人士，都是該基金會董監事。
蔣經國國際學術交流基金會成立於民國79年，教育部目前在基金會還有一席董事，先前係由前教育部次長陳良基擔任，在陳轉任科技部長後，目前擬由新任政次姚立德擔任，教育部官員表示，教育部擔任該基金會董事代表請辭後，該基金循往例都會主動建請教育部提名人選。
蔣經國基金會除了一名董事係教育部指派外，過去曾任教育部長的毛高文、曾志朗、孫震等人，目前也是該基金會董事，但上述董事係由基金會主動邀請，並非教育部指派。
教育部官員表示，蔣經國基金會創立時，原始基金為3億元，一開始就是部分政府捐助、部分自籌，後來立法院對於政府捐助財團法人的要求愈來愈嚴格，要求董監事比率5成以上財團法人必須將年度預算送立院審查，教育部從民國79年捐贈一筆錢後，就沒有再捐任何錢，該基金會也轉而透過自籌募集，教育部對該基金會的董事席次，也因此逐漸減少。
官員表示，蔣經國基金會成立以來，透過企業募款與並且依據相關法令進行轉投資，累積一定獲利，規模逐漸擴大，從教育部角度，蔣經國基金會在協助台灣推動國際教育界交流，還是扮演一定角色。
「台灣目前面臨一種狀況，有些國家學術機構與台灣進行交流會有政治考量，若採取政府對政府模式，可能沒辦法進行，因此，透過蔣經國基金會等民間機構，可以幫助台灣學術交流的實質拓展，因此還是有其存在價值。」
