設備與人力不足，場所雜亂不堪
長年以來的輕忽，部分院檢贓證物庫因陋就簡。贓證物庫經常設置於地下室，非但通風欠佳環境潮溼，且部分未有電梯可達，亦無適用之堆置遷動機具。部分單位連儲藏架都沒有，任意堆放於地面。甚至，扣案槍枝成把成串堆置於贓證物籃內。法務部曾編列相當金額，委託國科會專案設計無線射頻識別系統(RFID)作為槍枝管理，但閒置未用。大部分贓證物庫的消防設備都未考慮噴灑後對贓證物之損壞。一旦發生事故，消防水噴灑而下，恐怕所有跡證至此灰飛煙滅。曾前往台南地檢巡察三一九槍擊案證物，如此重要之案件亦未見特別保管。該案發生時陳水扁乘坐之紅色吉普車停留地下車庫，滿佈塵埃。該車所有人還曾主張返還扣押物。
任重事雜，能人多不願就。管理人力不足，多由書記官擔任，甚至有些法院還以錄事充任，能力嚴重不足。南區大型贓證物庫，安全警衛、出入登錄僅一人負責。甚至，吊裝大型贓物也賴書記官操縱叉式堆高機，違反勞動部相關安全規範。
此外，部分贓證物庫房距收發室與法庭，均有相當距離。管理置放與庭訊時提示證物，均極為不便。
管理欠缺方法
履勘發現各院檢之贓證物庫，因案件眾多、偵審期間長，而贓證物品種類繁多，部分贓證物體積較大，諸如機器、製毒器具與半成品、假酒成品、半成品、事故車輛、電子遊戲機台…等，因而呈現空間不足情事。目前此等大型贓證物品均以全數扣押方式，且需待案件定讞核發處分命令後，始能進行處分。然部分贓證物之性質具揮發性或有毒性，造成保管上困擾與空間不足。其次，對於氣體的扣押，目前作法是將鋼瓶扣押保存，內裝氣體則洩放，惟在洩放前未對該氣體進行檢驗或鑑定。目前臺灣高等法院及臺灣高等法院檢察署尚無訂頒相關規定。
（長期未銷毀之尿液檢體／作者提供）
甚多毒品案件扣案的安非他命半成品均用大型塑膠桶盛裝堆存，散發強烈刺鼻臭味。吸食毒品的尿液亦大量逾期儲留，早已變質成醬油色「陳年老尿」。偽造肥料案件扣案以數十噸計之化學原料，變質劣化。竊盜扣案成堆銹蝕扭曲的自行車、盜拷光碟扣案之電腦與拷貝機、電子遊樂場之賭博機台，塵積散落，堆置如山。對於扣案之證物如何保留其可供作證之情狀，均未見具體作為。
司法院及法務部應共同研議相關扣押取證規定。必要時，可以清晰相片或錄影紀錄扣押證物之長、寬、高、重量、數量等，並附相關鑑定或跡證報告，其餘部分則在偵查或審判過程中，儘速處分、發還或銷燬，避免贓證庫房之堆積，節省管理成本。
扣押物未依法銷毀或發還
