民進黨重新執政，廢核政策加速推動，讓原子能委員會角色異常尷尬，據了解，馬政府時代原本規劃原能會在組改後，多數人力併入經濟部能源局，少部分人力則將由科技部成立「核安管制研究中心」收容，由於原能會位在桃園龍潭的核能研究所1000多位員工，目前仍享有每月6800元至2萬6000元不等的「核能專業加給」，在立法委員今年初提案刪除原能會主委、副主委「核能專業加給」，未來原能會併入其他部會後，相關加給恐不保，從原能會主委謝曉星日前在立法院強調，原能會廢核後應維持二級獨立機關，不該被「降級」，可以看出原能會內部有很深的危機意識。
綠營上台後，2025非核家園正式納入《電業法》，核電相關人員在政府身價一落千丈，儘管核電廠提前除役的計畫如火如荼的進行，但廢核相關的政府組織調整，迄今卻仍未喬攏，不僅原能會的組織改造部分，呈現停擺狀態，先前經濟部提案成立行政法人放射性廢棄中心物管理中心，專責處理廢核後的核後端基金運用，避免台電「球員兼裁判」的問題，該中心設置條例目前仍躺在立法院。
據了解，放射性廢棄中心物管理中心未來成立後，原能會部分人員勢必會移撥到該中心，但在此同時，該中心設置條例又規定，核廢料場址所在地等公民團體必須占董事會席次3分之1以上，未來該中心在核廢議題上，勢必出現正反意見交鋒的情況。
「醫療、工業都有放射性廢棄物」 核能所所長：仍需有管制機關
原能會在組織改造過程，最麻煩的莫過於人數1000多人的核能研究所，能源會官員表示，核研所員工當中，當初透過高普考進用的人數有800多人，過去幾年配合政府「減核」政策，在資源配置上已開始調整，以今年度預算為例，27億6000萬元歲出預算，核電相關的「原子能管理發展業務」僅編列5億5000萬元，原子能相關科技民生應用發展，例如核醫藥物研製與輻射應用科技，則編列20億4000萬元。
核能研究所所長馬殷邦表示，在台灣推動廢核過程，核電廠除役與核廢料管制工作，仍必須有獨立的管制機關，況且，放射性廢棄物來源，除了核電廠之外還有其他來源，例如醫療與工業等領域，挪威、澳洲等沒有核電廠的國家，也有研究用反應器，放射性物質治療在生醫領域也被廣泛運用，因此，在廢核後，台灣仍需要有一個專責的管制機關。
「核能專業加給」遭砍除 原能會已見危機意識
據了解，儘管原能會內部認為，在核三廠核電機組在2025年除役以前，原能會與核研所的人力檢討空間不大，但在廢核推動過程，立委勢必會對原能會組織定位有所意見，尤其是人數逾千人的核能研究所，當初成立目的，和前總統蔣經國推動原子彈有很大關係，目前近千人的配置員額，廢核後將第一個被檢討。
今年1月立法院通過決議，刪除原能會主委與副主委3萬多元的「核能專業加給」，存廢議題雖然尚未浮上檯面，但原能會內部已經有危機意識，日前謝曉星在立法院公開表示，反對原能會在組改中「降級」，謝除了主張原能會維持二級獨立機關編制外，更主張原能會能像中研院一樣，直屬於總統府。
官員自覺遭矮化 非核後組織改組仍未明朗
經濟部官員表示，原能會很多官員，在核電正夯的年代，當年都是第一志願考取清華核工系，如今廢核後，卻面臨機構縮編，併入其他部會的局面，不管是能源局或是科技部核安處，原能會官員自覺遭「矮化」的心態可以理解，核能研究所這幾年因應非核政策，也已轉型投入電網與太陽光電、綠能研究。
經濟部官員表示，世界各國近年因應全球氣候暖化與再生能源發展，政府的能源部門的重要性，正逐漸提升當中，能源局現有編制因應未來再生能源發展，人力上已經捉襟見肘，未來原能會人力併入經濟部後，相關人力的重新調配將是一大工程，目前經濟部內部針對非核後的政府組織再造，目前也還沒有定案。
