總統蔡英文的重要競選政見「台南沙崙綠能科學城」，在前瞻基礎建設綠能建設243億2000萬元特別預算中囊括3分之2，為了平衡台灣南北差距的「造鎮計畫」，目前卻面臨相關部會，擔心部分處室搬到台南後，將重蹈漁業署南遷覆轍，出現不願配合南遷的窘境，即便是未來廢核後，面臨縮編的原能會核能研究所，多數人員也不願意從桃園龍潭遷到台南，為了達成高層交辦的進駐人數，經濟部、科技部附屬的工研院、國家實驗研究院員工，因為不具公務人員身份，成了這次南遷的冤大頭，工研院綠能所將有高達7、800人，將被迫從新竹南遷到台南沙崙。
台南綠能科學城，是蔡總統5+2創新研發重要計畫，由於綠營長期執政的南台灣，過去長期抱怨中央「重北輕南」，民進黨重新執政後，在8800億元前瞻基礎建設特別預算，台南、高雄等縣市分配到大量預算，以綠能建設為例，243億2000萬元特別預算中，沙崙綠能科學城就占了162億2000萬元。
根據科技部規劃，沙崙綠能科學城分為A、B、C、D、E、F共6個區域開發，總共開發面積為1000公頃，預計將吸引1000億元投資金額，其中C區部分由科技部負責規劃進駐，D區部分則經濟部規劃為綠能產品示範場域，預計將成立綠能商品測試中心，其他進駐單位還包括中研院、工研院等研究機構。
「安家住宅」開發金額上看250億 南遷政策卻遇基層反彈
根據台南市政府盤算，台南市將與台糖合作，在周邊台糖土地上興建「安家住宅」，希望引進1萬名研發人才進駐，以2500個家庭，每個家庭需要1000萬元透天住宅估算，總開發金額為250億元，台南市副市長當時特別強調，「台南沙崙未來前景將非常看好」。
不過，這項平衡南北的南遷政策，在執行上卻面臨基層公務人員的反彈，據了解，綠能科學城籌備處成立半年後，目前除了交大南科校區配合遷入沙崙外，其他被點名的經濟部、科技部、原能會、中研院，基層人員對於南遷都意興闌珊。
其中，原能會未來在廢核後，相關人力將被整併到經濟部能源局與科技部，儘管過去幾年配合國家「穩健減核」政策，部分人力已經轉做綠能與核子能生醫領域研發，但原能會所推動的核能業務，在綠營政府本來就不討喜，相關單位在討論哪個單位該配合南遷時，第一個想到原能會，尤其是位在桃園龍潭、人數近千人的核能研究所。
原能會官員表示，儘管原能會的組織改造，目前暫時停擺，原能會方面雖然主張，台灣在廢核後仍應參照其他國家，維持核電以外相關的核能研究，但原能會目前的人力配置，在核三廠除役後，未來勢必得進行調整，在沙崙綠能科學城計畫中，原能會核能研究所將會把目前已從事綠能相關研究的數十位研究人員，從桃園龍潭遷到台南。官員表示，原能會先前已配合政府，在高雄路竹已經設置綠能展示中心。
