嚴德發於十七日接獲三人確診初步訊息，立即召集相關單位編成專案小組，啟動危機處理機制，為調動車輛、開放檢疫所、支援人物力和消毒作業備戰。十八日將全員緊急召回，分別安置於六個檢疫所、一處軍營集中檢疫。十九日有二十一人確診，二十一日有三人二採確診，磐石艦已全員抽血檢驗。
外界不禁質疑，海軍是否有隱瞞情形？中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中稱，艦上醫官看來「判斷錯誤」，他擔心有「誠實疫調」困難、「下情難以上達」。會有誠實疫調疑慮，是因為國軍不斷掛保證出訪全程戴口罩、全員健康無狀況、十四日登艦採檢呈陰性等說法，正確性一再遭到打臉。
究責「防火牆」最高到國防部？
在野黨質疑小英與國安團隊要負決策責任。關於究責「防火牆」層級，高層已畫下由國防部釐清的底線。如爆發全台大規模社區感染，嚴德發恐得引咎辭職。
陳道輝現職為艦隊指揮部參謀長，受黃曙光欣賞，原被視為海軍明日之星，如今防疫出包被撤職，前途蒙塵；後續擴大懲處，連黃曙光應都難逃究責行列。
嚇死！蔡英文接艦原要近距離致意
總統蔡英文去迎接敦睦艦隊，原本她是要在岸邊等官兵上岸後直接打招呼，後來府方幕僚怕疫情造成統帥風險，才改為隔岸揮手。執政高層說：「應該頒發這個人青天白日勳章！」
蔡英文上任後遇到兩次快把國人嚇死的軍事麻煩，一是雄三飛彈誤射事件，以及這次敦睦艦染疫。巧合的是，兩件都有共同爐主。國防部長嚴德發前一次是參謀總長，參謀總長黃曙光當時為海軍司令；另一個倒霉鬼是兩次都得出來擋子彈的梅家樹，當時為海軍司令部參謀長，如今是海軍副司令。
據了解，雄三飛彈誤射後，黃曙光進總統辦公室向蔡英文解釋，懊悔到顫抖地流淚。蔡因此壓下雷霆之怒，後來乾脆自己辦案，把人一個一個叫來問，竟然問出原來掌管這麼重要的飛彈，軍方卻沒有正式操作手冊。
敦睦艦出事後，蔡英文第一時間要軍方「誠實以對」。執政核心系統確實覺得軍方這次「非常奇怪」，老是講不清，「要像羅斯福艦艦長，有就有、沒有就沒有。乾脆一點，一次講完。」（楊舒媚）
