海軍敦睦艦隊自帛琉返台，航程中曾有五人發燒，四月十四日登艦進行檢驗時卻未發現異常，全員於十五日下船後，先於十八日爆出三起確診案例。經緊急召回檢驗，截至二十一日共有二十七起確診案例。官兵足跡遍布十縣市、九十餘地點。
國防部長嚴德發於二十一日晚間記者會公布初步調查報告，防疫破口指向海軍未落實上艦疫調等風險管理所致；首波懲處名單包括海軍艦隊指揮部指揮官高嘉濱、敦睦支隊長陳道輝均調離現職，未來會再依檢討事證，擴大懲處。
蔡英文與黃曙光三度同台
嚴德發強調：「個人絕對會負政治責任，已向總統自請處分；我接受所有處分，包含請辭。」海軍司令劉志斌亦自請處分，至於參謀總長黃曙光是否也應懲處，嚴德發稱，要視後續事證檢討，上將權責由總統決定。
嚴德發也扛起核定敦睦艦隊出訪責任。他在二月十九日曾向總統報告計畫內容，「總統表示尊重」。
國防部於二十二日向立法院外交及國防委員會提出專案報告前，公布初步懲處名單，被媒體視為先行止血。
這起軍艦離奇群聚感染出現三種可能源頭：
首先是中央流行疫情指揮官陳時中十八日說：「我們高度懷疑帛琉有潛在病例。」外部專家、台大醫生李秉穎則直言：「就是在帛琉感染。」但是「基於邦交國，我們不好意思明說」。
另一說是艦隊自九日起停靠左營，十五日才能下船，在這六天期間，有包商等人員上下艦所致，但已遭國防部否認。不過台南市疫調卻發現，十四日就有確診官兵下船購物。
第三種以「祕密任務說」可能極高。帛琉與關島相距一千多公里，國會傳出敦睦艦隊出訪期間執行祕密任務，捐贈口罩給關島美軍接觸所致，但軍方已否認。
對於感染源頭，國防部強調要待完成檢驗後才能確認。
至於十五日一同校閱結訓典禮的黃曙光、劉志斌均進行自主健康管理，軍方稱兩人並未出現任何症狀。只是黃曙光曾於四月九日艦隊歡迎儀式、十三日總統府宣誓典禮、十六日官邸例行會議，三度與總統蔡英文同台，雖保持安全社交距離，仍引發外界疑慮。
總統府強調，目前總統無被感染風險，正由醫療團隊密切關注總統健康。
陳時中坦承有「誠實疫調」疑慮
軍醫局原向國會說明，擔任旗艦的磐石艦共有三七七名成員，航程中曾有七十人看診七十一次紀錄；其中有五人發燒，經收治船上隔離病房後痊癒。國防部於二十日清查後改口，看診有一四八人、二二六人次。中央流行疫情指揮中心已對這五位曾發燒的官兵抽血檢驗，發現有三人出現抗體，指揮中心推論在三月二十一日至二十六日前可能發生過至少一波感染。
敦睦艦上七四四位官兵於二月二十一日登艦，均先完成檢測。三月十二日訪問帛琉，在帛琉總統接見、戶外歡迎獻花、壘球友誼賽等活動，官兵均未全程戴上口罩。
