海軍敦睦艦隊近日爆出官兵群聚感染一事，讓外界質疑國軍是否有隱匿疫情之嫌。國防部為滅火，除了緊急召開記者會公布調查結果，也宣布艦指部高嘉濱中將與支隊長陳道輝少將調離現職。對此，台北市長柯文哲表示，軍方該改進的缺失可以改，但不是出事的時候就讓軍方出來扛。
柯文哲24日接受「TVBS看板人物」專訪，針對海軍官兵染疫一事，柯文哲表示，「軍人是特殊職業，榮譽要保住，該改進的地方可以改，但不要出了事就把軍方拿出來打。」他更指出，「台灣最大的問題就是政府跟人民之間沒有信任，一定要互相捅來捅去。」
前海軍總司令葉昌桐也曾提到，支隊長肯定是各方面都能夠超越同僚，所以才能夠被選拔為支隊長，雖然自己不認識遭到處分的兩人，「但我曉得海軍過去的程序上就是這樣子。」他認為，如果因為支隊長沒有回報官兵發燒狀況等其他因素，就這樣斷送20多年的培訓，是一件相當可惜的事，畢竟培養海軍將領是很不容易的事。
據悉，陳道輝曾透過電話表示，自己願意用生命保證絕無隱瞞疫情，如果知道有官兵染病，一定會尊重國防部命令立刻返航。他還說，身為軍人的他，「寧可死在海上，也不可能讓病毒威脅國人及家人。」更稱這是他穿白軍服30年來最痛苦的時刻。
宅神朱學恆也發文痛批，國家沒有撫卹這些執行公務可能終身受創的官兵，「第一時間竟然是切割、懲處執行命令的官兵？要不是有國家命令，誰他X的想冒著被感染的危險去落後國家執行機密任務？這種福利誰會想要當國軍？」
中華戰略學會研究員張競則表示，軍中重要決策均由三軍統帥負起責任，不可能置身事外，敦睦支隊執行任務染疫，其實所有海軍官兵都是受害者，國家絕對需要厚待他們，給予適當且完整的醫治，而非是未經適當程序就給予懲處，直言這作法「無法達到實質正義」。
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