有別於爆衝不已的蘇貞昌內閣，蔡英文這期間對這個肆虐全球的病毒名稱，也呈現三段描述：初時隨同陸委會的基調，稱「新冠肺炎」；待中共軍機高頻率繞台後，於3月19日的總統府敞廳談話，改口稱「武漢肺炎」，之後一段時間，都如此稱呼病名，或乾脆只說「疫情」來迴避名稱上的爭議；到了4月9日蔡英文視察部隊後，又默默地叫回「新冠肺炎」。
在蔡英文口說肺炎名稱數變之外，在疫情發展過程中，民進黨政府高層其實也曾在大陸2月初疫情尤為艱困之際，原擬捐贈支援1萬件防護衣給當地第一線抗疫的醫療人員，此案雖然最後沒能落實，但看得出來，面對續任的蔡英文，或也不樂見兩岸關係被這股抗中民粹搞至一塌胡塗，讓自己玩火上身，嘗試釋出一些善意期盼能達成緩解的作用。曾經自詡「務實台獨工作者」的準副總統賴清德更是一則顯例，除了表達「台灣應該義不容辭參與、協助中國解決這個嚴重的疫情」外，更指「兩岸有共同的敵人，也有共同的目標，兩岸應該要合作。所謂共同的敵人是指傳染病；所謂共同的目標是指增進兩岸人民的福祉」。儘管賴清德隨即引來綠營支持者的噓聲，卻也反面突顯蔡賴二人為了不殃及自己新任期的發揮，試圖扮演煞車的角色。
只不過就算蔡英文有意讓兩岸關係至少維持低盪的現狀，不要繼續「暴跌」，甚至是向好，但她底下官員的兩岸態度，例如行政院長蘇貞昌，顯然和她不同調，言必稱「武漢肺炎」，還不時拋出台獨意味濃厚的論調，被大陸國台辦點名「將台灣推向危地」。隨著兩岸民間怒視程度日以俱增，鴿派如陸委會的發言也每每被自己人出征，除了過往軍事演訓更加頻繁外，過去不曾端出的喊停陸生來台政策，也被北京拿了出來，讓兩岸未來的發展前景更加不樂觀。
ECFA 恐斷北京對台思維急轉
儘管習近平2019年曾提出「經貿、基建設施、能源資源、行業標準」的新四通說法，延續過去的對台政策，但自去年10月開始，隨著兩岸敵意螺旋的強化，北京將在2020年中斷ECFA的傳言，至今始終未見消止，這對台灣來說是重大警訊，影響不僅在經貿層面，一旦北京決意如此，代表著將不再寄希望於經貿等政治因素較低的區塊來強化兩岸之間的整合，以避免台灣走向分裂。
藏在大陸喊停陸生來台，以及ECFA可能中斷的思考下，是北京對台思維出現反轉的可能性，這在蔡英文開啟第二任期的「5•20」就職談話，以及傳言大陸兩會將在5月中下旬舉辦的前夕，凸顯兩岸未來發展的關鍵節點，或將在2020上半年末期浮現。
回顧蔡英文於2016年第一任期的就職講話，一方面提起《中華民國憲法》、《兩岸人民關係條例》，言不由衷地讓「一中」概念在談話中「若有似無」，另一方面在不承認九二共識的立場下，僅以承認「九二會談的歷史事實」試圖打擦邊球，結果換來了中共以「未完成的答卷」回覆，表達出不接受，卻也不輕言拒絕的立場。
