政府捐助165個財團法人，目前基金累計資產規模上億元的法人比比皆是，不當黨產處理委員會調查婦聯會，意外挖到小金庫，讓內部大為振奮，開始針對中華救助總會、軍人之友社等社會團體調查，根據日前行政院所公布資料，政府捐助財團法人當中，雖然沒有像婦聯會一樣，帳上高達378億元現金的機構，但擁有億元以上小金庫機構卻也不少，例如由蔣方良女士成立的國光慈善基金會，目前帳上現金高達17億元；軍人之友社有9億元現金，每年孳息達4000萬元。
航發會淨值最高 達167億元
根據國發會公布104年政府捐助財團法人行政監督總報告，政府捐助122個累計捐助比率超過5成的財團法人，如果將信保基金等金融相關的財團法人排除，目前帳上淨值最高的是航發會，累計基金淨值高達167億元，其次是國合會（125億元）；衛福部的國家衛生研究院，科技部的國家實驗研究院與同步輻射研究中心，規模也有數十億到100億元的規模。
至於每年承攬政府公共工程顧問業務上億元的中興工程顧問社（隸屬經濟部）、中華顧問工程司（隸屬交通部），目前帳上基金規模分別為19.4億與7.7億元。農委會下轄的農田水利會所成立之財團法人，包括中正農業科技社會公益基金會（瑠公）、七星、桃園、台中、曹公等，目前帳上基金規模也有5億元以上。
中華救助總會土地 市價高達77億餘元
政府捐助的社會團體當中，有些團體因為在戒嚴時期透過無償撥用，取得不動產，已經成為不當黨產處理委員會追討的標的，中華救助總會位在忠孝東路五段台北兒童福利中心、汐止翠柏新村老人安養中心，目前市價高達77億餘元；財團法人國光慈善基金會，早年獲得省政府與內政部無償撥用金華街土地興建三軍幼稚園，後來取得台北市政府土地徵收補償，目前帳上基金餘額高達21億元。
部分政府捐助團體，依據設立或捐助章程，雖然是以推動社會公益為目的，但實際上社會公益支出，是否達到公益團體標準，卻頗值得商榷。
舉例來說，國光慈善基金會21億元基金資產中，4億元用於購置目前南港三軍幼兒園土地，17億元則為銀行存款，換言之，該基金會每年利息收入等孳息，有數千萬元，但該幼兒園僅招收180個學生，半數為軍人子女，每年提供軍人遺眷子女獎助學金300多萬元，政府對該基金會累計捐助比率為19.74%，雖然隸屬衛福部管轄，但董監事均由國防部派任，衛福部對該基金業務相對陌生。
華興育幼院無償撥用土地 招生人數只有20人
黨產會發言人施錦芳表示，台灣解嚴30年，部分政府捐助社會團體，公益支出佔基金孳息比率偏低，婦聯會的華興育幼院當年透過政府無償撥用取得土地，日後政府要求返還土地，卻透過法院打官司，華興育幼院招生人數更只有20人。
