從一八九○年代開始，譴責為清盡忠的「漢奸」就成為一種慣例；例如戰勝太平天國的湘軍將領曾國藩，便曾受過這樣的指責。一個世紀後的一九九○年代，官方對現有體制效忠的強調壓過了漢民族主義；在這種情況下，官方才開始為自己的合法性尋找新的依據。在這樣的語境中，曾國藩和孔子都被拿來當作「民族價值觀」的典範，而被模棱兩可地平了反。然而，即使在今天，將太平革命運動說成是一場內戰，仍多多少少踩到了紅線。專注於戰爭造成的傷害與破壞的做法，挑戰了學術及政治上的既得利益；過去十年左右，有一些中國學者已開始這樣做，但那通常代表著對是、非、「好」、「壞」觀點的逆轉，以及對於當下學術與政治正統的否定。許多政治資本、學術資本都被投注來給予太平天國運動正面評價。關注戰時的破壞，被視為否定太平天國運動的革命性及進步性，以及批評一九四九年後的政治秩序。
這些學術傾向有一部分被英語世界的太平天國研究吸收，特別是早期的學者。他們的研究十分關注太平天國的理想願景及其主要發想人。戰時的傷害以及地方經驗在太平天國研究中不受重視，反而是在對特定區域的研究中受到較多關注。冷戰時期，出於反共需要，中國對太平天國革命運動的敘述被借用、挪用，但其結論被顛倒，由正面轉向負面。在這種敘述中，太平天國不再具有革命性和進步性，而被說成是在追隨一種「狂熱的宗教信仰」，其意識型態是非中國的，其體制很「原始」，其領導者「無情」且「縱逸」，洪秀全「顯然有心理疾病」，而其他領袖則「用粗糙的宗教騙術來維持威權」。
與之形成對比的是，女性主義學者將太平天國視為女性主義先驅；他們利用中國的研究成果，將那群從廣西出發北征的天足女戰士當作女性主義烏托邦的例子。此外，由於太平天國是從基督教獲得靈感與啟發，所以早期那些被太平天國強烈吸引的西方學者，最初是對中國能否信奉基督教有興趣，後來則對「西方衝擊」與「中國回應」模式有興趣。「太平天國的宗教到底是不是真正的基督教？」這個問題在拜訪過太平天國的傳教士、外交官以及其他觀察者的心中縈繞不去，而且在後來對於那個時代的研究中，一直都備受關注。這個問題持續主宰與這時期相關的教學內容，並時不時地在歷史書寫中重新浮現。為了另闢蹊徑，或者可能是受到了柯文（Paul Cohen）關於中國史研究應該採取「以中國為中心的方法」（一九八四）的呼籲所影響，也有學者認為太平天國的宗教實踐源於盛行於華南的民間宗教。這類研究結合了（不同程度的）文本解讀及民族學分析方法。儘管這些研究對太平天國的宗教思想究竟是源自中國還是源自基督教有不同的結論，但不少著作的焦點都是這場運動的主要領袖洪秀全及其宗教洞見，或意識型態的性質與內容。
