「我們做的就是投錢，同時也會分享自己的觀點。」蓋茲說，「歸根究底，我們並不是在做決定。」
新冠肺炎（COVID-19，2019冠狀病毒病）說明了任何一個人，即使是世界上第二富有的人，在阻斷大流行病上的能力還是有局限性。蓋茲說，這種病毒是「我這輩子見過最戲劇化的玩意。」它擾亂了基金會根除小兒麻痺症、為低收入國家兒童接種疫苗以及其他長期優先事項的工作，儘管這些項目的資金仍在運作。
到目前為止，蓋茲基金會已經承諾將提供3.05億美元（約台幣90億元）用於新冠疫苗和藥物療法的研發，以及向低收入國家提供藥品和物資援助。蓋茲表示，疫情結束前，他們最終會投入更多經費。
新的威脅
2000年，蓋茲與妻子梅琳達成立了他們的基金會，致力於尋找對抗傳染病的生物醫學創新以及實現這些創新的方法。2014年，伊波拉病毒引起了他們的關注，全球至少有1.13萬人死於那場疫情。
「全世界還沒有做好應對流行病的準備。」蓋茲在2014年11月接受《華爾街日報》（The Wall Street Journal）採訪時說。當時他剛聽完一場關於伊波拉候選藥物治療的演講，見了一位感染後倖存下來的奈及利亞醫生。
「怎樣才能阻斷某種形式的SARS再度出現?」談到那場在2002至2003年由另一種冠狀病毒引起的嚴重急性呼吸道症候群疫情時，他說，下一次可能就是「SARS 2號」。
2015年3月，蓋茲在一次廣受關注的TED演講中警告，傳染病大流行對世界構成的威脅比核戰爭更大，因為各國幾乎沒有建立防禦措施。他呼籲建立一個國際預警和反應系統，包括醫療人員的機動團隊、快速診斷、藥物儲備和能在數月內生產疫苗的技術。
「流行病是為數不多的、未來幾十年內可能使世界急劇倒退的災難之一。」他在當月的《新英格蘭醫學雜誌》（New England Journal of Medicine）上寫道。
蓋茲與其他全球衛生專家一起呼籲加強公共衛生防護。「我絕不是在孤軍奮戰，」他說，「不過，我有一點特殊，那就是我並不是畢生都在從事傳染病防治。」
他向2016年美國總統候選人解釋了大流行疾病的風險，並敦促他們將防備工作作為國家優先事項。2016年12月，他還在川普大廈的一次會議上向準總統川普提出了這個建議。白宮對此拒絕置評。
在國際安全政策年度會議——2017年慕尼黑安全會議（Munich Security Conference）上，蓋茲發表了事先準備好的談話，他表示，「為全球大流行病做好準備，與核威懾和避免氣候災難同等重要。」
