中國全國人大常委會今日（30日）通過「港版國安法」，日本內閣官房長官菅義偉當天對此表示「遺憾」。菅義偉說，日本非常重視自由開放的民主發展體制，但是頒布國家安全法損害了國際社會對於「一國兩制」原則的信任。菅義偉雖然沒有表態直接譴責中國，但也說「將與有關國家合作，採取適當行動」。
菅義偉30日召開記者會時，未能確認「港版國安法」是否已經通過，因此對媒體表示「正在確認事實關係」。不過他也說，如果「港版國安法」獲得通過，日本政府很遺憾該法是在「國際社會與香港市民的強烈擔憂下」過關。但菅義偉也說，日本會繼續與美中兩國保持密切聯繫，因為兩個大國間的穩定關係對於區域與全球安全非常重要。至於中國國家主席習近平今年的訪日行，菅義偉說「目前還不到具體挑整日期的階段」。
《讀賣新聞》稱，日本政府表達反對的外交用語共有五個等級。其中最嚴厲的是「譴責」，其餘依次是「遺憾」、「憂慮」、「擔心」和「關注」。日本政府過去使用「遺憾」多半是在牽涉到國家利益的場合，像是中國公務船進入日本尖閣諸島（我稱釣魚台列嶼）領海與周邊海域，日本政府經常對此表示「遺憾」。但是「遺憾」用在對他國政策的評價，《讀賣新聞》也說這種情況非常少見。
日本政府對於「港版國安法」基本抱持反對立場，菅義偉5月22日曾表示「抱持高度關心注視」，25日便升高為「強烈擔心」。外務省5月28日更召見中共駐日大使孔鉉佑，表達對「港版國安法」的「深刻憂慮」。日本與美、英、法、德、義、加等G7成員國日前也曾就香港事務發表聲明，這7國外長加上歐盟外交和安全政策高級代表，共同表態對「港版國安法」表達「深切關注」。
《讀賣》表示，日本約有一千四百家企業進駐香港。有日本官員認為，「港版國安法」一旦通過，將會動搖「香港基於一國兩制的高度自治」，日本企業也很難不受到影響。日本政府認為，「港版國安法」的相關規定違背了香港《基本法》以及《中英聯合聲明》裡頭的國際承諾，多年來香港賴以繁榮成功的體制也將受到嚴重影響。
