《自由亞洲電台》稱，孔子學院雖然聲稱「轉由民間非營利公益組織」運作，但與中國官方的聯繫仍是千絲萬縷，包括轉型後仍接受教育部提供資助。紐約城市大學教授夏明表示：「（孔子學院）不可能因此變得更受歡迎，只不過可能是暫時減少樹大招風的效應，這只是換一個方式刻意避開風頭，等待時機繼續生存下去。但是，我覺得中美大的格局下看來，美國對中國政府代理人或是白手套的在美機構，我相信未來控制會越來越嚴。所以，我認為孔子學院在美國的市場會越來越小。」
美國國會在2018年通過《2019財政年度國防授權法》後，美國國防部就不再補助設有孔子學院的美國大學中文學習獎學金。此後多所大學便出現骨牌效應，陸續關閉孔子學院，包括2004年美國首間設立孔子學院的馬里蘭大學（University of Maryland），也在年初宣布與孔子學院終止合作。
不過孔子學院美國中心（ Confucius Institute US Center）對外關係與溝通的負責人艾金（Erik Eging）表示，該中心在美國的發展專注於文化交流與語言學習，並反駁外界對孔子學院的疑慮，「都是基於意識形態的偏見」。他強調孔子學院在美國的項目活動都是由美國大學自身與他們的中方合作大學主導，孔子學院美國中心作為獨立機構，不代表中國教育部中外語言交流合作中心或是孔子學院的項目發言。
共和黨參議員布萊克本（Marsha Blackburn）今年三月曾提出《孔子學院透明度法案》，要求美國的大專院校要公開與孔子學院合作時洽簽的保密協定，對中方派出的人員也要進行適當的背景審查。《自由亞洲電台》則認為，雖然孔子學院號稱改由民間公益機構負責經營，但未來的外國學員能否在西藏、新疆、台灣、香港等議題上暢所欲言，才是孔子學院是否改頭換面的真正指標。
