為了配合同性婚姻合法化，內政部宣布明（3）日起戶政事務所開放跨區的同性伴侶登記作業，內政部表示，目前台灣所有縣市中，僅有花蓮縣、台東縣、雲林縣和澎湖縣均未設有同性伴侶登記制度，但是明日起可以在治外縣市辦理跨區登記。
全台僅花蓮、台東、雲林、澎湖 未開辦同性登記
內政部副司長翟蘭萍表示，在基隆宣布開辦同性伴侶登記之後，全台只剩下花蓮、台東、雲林和澎湖4個地方政府未開辦同性登記，但是3日起均可以自由辦理跨區登記，其他政院官員則強調，過去同性伴侶註記均為「所內註記」，除了戶政人員之外其他人都無法查閱相關資料，但是在未來更新系統之後，就可以跨區查詢同性登記資料，如果註記者搬遷戶籍，註記也會自動更新。
最近剛剛宣布開同性伴侶登記的基隆市民政處表示，基隆參考其他已開放縣市的制度，已經完成相關的制度建構，可以讓民政前往戶政機關辦理登記；而全台的同性伴侶登記程序，以台北市為例，必須要雙方親自前往辦理，同時攜帶身分證民文件（身分證或是戶政等）、印章（也可以簽名代替）以及同性辦理申請書辦理，若其中1人為境外人士，應查驗取用中文姓名聲明書、婚姻狀況證明文件有效期限，為原核發機關核發或大陸公證處簽發公證書之日起6個月內有效。
至於目前辦理同性註記的用處在於，當成功辦理登記之後，此註記即可作為《醫療法》上的關係人使用，而且勞動部也承認可據此請「家庭照顧假」、外交部同意可以幫對方代辦護照，而經認證同性伴侶註記的台北市府員工，則可以享有與異性戀相等的一切福利。
