這件事雖然沒有妨礙蓮舫當選黨魁，但過程中的發言矛盾與危機處理不當，確實讓她受傷，2004年在選舉公報上宣稱「18歲歸化日本籍」也有虛偽隱匿的嫌疑。蓮舫後來向中華民國內政部申請的「喪失國籍許可證書」，又因日本政府的「一中原則」不被受理（不承認中華民國政府發行的公文書）；加上她急忙拋棄台灣籍（中華民國國籍），第一時間回應質疑時又宣稱「當政府主張『一個中國』時，媒體卻使用『雙重國籍』這個詞，令人感到吃驚」，又被國內媒體轉述為「台灣不是一個國家」，當時惹來台灣的政治人物憤怒抨擊，她在台日兩地的政治聲望也雙雙下跌。不過蓮舫仍與民進黨保持良好關係，2018年也曾來台拜訪蔡英文總統與時任行政院長的賴清德。
（日本）民進黨2017年在東京都會選舉敗北，加上雙重國籍爭議始終尾大不掉（即便她後來公布已經選擇日本籍的戶口資料），蓮舫被迫宣布辭去黨代表（黨魁），同年年底則加入新成立的立憲民主黨，並且擔任該黨副代表兼參院幹事長。蓮舫的政治聲望雖從高峰跌落，但她仍是日本最大在野黨（目前為立憲民主黨）高層，近年提到女首相的可能人選時，她與東京都知事小池百合子、有「女版安倍」之稱的前防衛大臣稻田朋美，仍是媒體津津樂道的人選。因此當《週刊文春》刊出她親口承認離婚的消息，依舊引發熱烈關注。
蓮舫的前夫村田信之是早稻田大學政治經濟學部畢業，當年跟青山學院大學法律系的蓮舫情投意合，兩人婚後一同前往北京大學留學兩年，他們的一對兒女也是此時出生。蓮舫在電視圈發展時，村田信之還在早稻田念了一個公共經營碩士，後來蓮舫轉入政界，村田也在鳩山由紀夫首相的內閣官房與總理任職，並在早稻田大學的大隈塾教授「鍛鍊強大知性」等課程，擔任客座副教授。不過當蓮舫在政界發光發熱，村田信之的知名度顯然遠遠不及太座。村田在2011年也曾參加東京目黑區的區議員選舉，但最後僅得到八百多票慘敗。這次兩人離婚，台日媒體多以「自由作家」稱之，極少述及他的事業與發展。
蓮舫與村田信之離異的消息傳出後，日本體育小報立刻挖出她2016年在中居正廣節目中的往事。蓮舫的女兒村田翠蘭與村田琳（已在去年出道，除了是「VOYZ BOY」偶像團體成員，也在TBS的電視劇《NO SIDE GAME》飾演有馬真吾）當時首次在電視螢幕亮相，節目在蓮舫位於東京目黑區的豪宅拍攝屋主寢室，當主持人發問「你跟老公就是睡這張床嗎？」蓮舫卻立刻回答「並沒有」，還說老公在家中是「比寵物還低的存在」，自稱不記得結婚紀念日與求婚日期。當時這集節目曾在網路引發熱議，不少網友質疑蓮舫根本虐待老公、兩人是假面夫婦。
立憲民主党 蓮舫さん（５２）が離婚 「人生観の違いですね」とのこと。「村田蓮舫」から「齊藤蓮舫」に : ツイッター速報 https://t.co/j0ZyHGTUrI
— 黒瀬 深 (@Shin_kurose) August 24, 2020
ついに捨てられた蓮舫氏の旦那ですが、ここでこれまで旦那氏がどんな扱いを受けていたかをご覧ください。 pic.twitter.com/evKGQnpaXC
蓮舫在電視節目中的發言，當然有可能是為了效果、引發話題。不過參議院官網裡對蓮舫議員的簡介，日前卻將她的姓名悄悄從村田蓮舫改回齊藤蓮舫，這讓《週刊文春》對她求證「兩人是否離婚」。蓮舫倒也答得痛快，承認與前夫已在8月7日提出離婚登記。蓮舫說，兩人沒請律師，只是因為「人生觀不同」，已經23歲的兒女也都大了，所以平和簽字、圓滿離婚，心境與生活都十分平靜。
蓮舫說：「兒子在演藝圈的事業已上軌道，女兒也已經找到工作。考慮到兩人的將來，已經不需要在同一個戶籍。今年春天，我主動提出離婚，談了兩次就搞定。」蓮舫說，離婚後與前夫還是會互相聯絡，兩人交情不改。她也不忘提及自己的政治抱負，「村田在早稻田的教書工作需要連結學生與地方，所以考慮改變生活據點，我的選區在東京，希望從這裡改變整個日本」、「他知道與我的價值觀有落差，能理解我要做的事」。
