馬英九和蔡政府代表的是兩條路線的選擇，可稱之為馬英九路線與蔡英文路線。不過，如果把這兩條路線看成是「和」與「戰」的選擇，則稍嫌簡化，民進黨也必定不會接受。其實，這兩條路線有各自的邏輯與戰略觀，個人嘗試歸納綜合二者的差異，製作成下表，希望能夠透過這樣的比較，讓讀者能如實地了解這兩條路線的意涵。
維持現狀VS.走向台獨
首先，這兩條路線的目標不同，也是兩條路線的根本分歧。馬英九路線事實上已不把統一當目標，其戰略是維持「可持續的現狀」，讓台灣的生活方式能夠在和平的大環境下儘可能的延長，並為台灣未來創造或爭取最大的選擇空間。此一路線透過「九二共識」展開協商、交流與合作，讓中共沒有武力犯台的意願與必要，在符合雙方彼此戰略需要下，延長現狀。
馬英九路線基本上對未來統獨是持開放態度，因為未來如何演變，變數多且不確定性高，因此以延長現狀為目標，給後代更多的選擇空間，最符合台灣的利益。
簡單的說，馬英九路線不在統獨問題上糾纏，其目標就是為台灣爭取最長可能的和平，最多可能的機會，以及最大可能的空間。
蔡英文路線其實就是台獨路線。雖然蔡英文也說維持現狀，其意涵與馬英九路線大不相同，此一不同的根源就在於民進黨的台獨神主牌。馬英九路線的維持現狀，與民進黨的台獨方向並不相容。
民進黨花了幾十年時間，把大中華意識轉化為台灣意識，而且正逐步把台灣意識轉化為台獨意識。這幾年，民進黨曾為「九二共識」所苦，但現在也幾近成功地把九二共識打入冷宮冰凍，因此，馬英九的苦口婆心，在蔡英文耳中卻是刺耳雜音。
此外，馬英九和蔡英文都提到主權，但其指涉的內涵也不一樣，馬英九是以中華民國為主體，蔡英文則是以台灣為主體。兩個人都同樣用主權一詞，實際上卻是雞同鴨講。
力不從心VS.成功救援
只從總目標來看，仍不足以說明這兩條路線為何如此不同，二者在許多關鍵問題上的看法也大相逕庭。蔡英文說「和平靠國防」，只說對了一小部分，因為台灣安全長期以來主要是靠美國的庇護。
因此，美中軍事力量的差距是台灣安全的關鍵因素之一。馬英九路線基本上認為美中軍事實力差距大幅縮小，而且中國大陸在西太平洋已取得了局部優勢，否則也不致於認為台海正瀕臨險境。
蘇起在研討會中所言，「台灣安全繫於北京一念之間，不在美國或台灣自己手上」，應該是基於這樣的判斷。如果不是實力差距已縮小到中共敢於動武，就沒有一念之間的問題了。
中美軍事力量差距縮小，這是擺在眼前的事實，蔡政府應該也有所體認，但蔡英文路線仍認為美國的軍事實力對大陸仍有嚇阻的實力，而且中國大陸也不敢確信美國到時候絕對不會干預。畢竟對台動武是足以影響中共政權的大事，沒有百分之百的把握，中國大陸不會輕啟戰端。
