由於日本採用內閣制，安倍晉三辭去內閣總理大臣與自民黨總裁職務後，政權仍在掌握國會過半議席的自民黨手裡。因此接下來誰能當上自民黨總裁（黨主席），就當然是日本下一任首相。根據自民黨章規定，總裁須由394張國會議員選票（扣掉參眾兩院議長，自民黨目前共有394位國會議員）以及與議員票相同票數（目前為394張）的黨員黨友選票（以頓特法分配選票）共同決定。如此看來，自民黨前三大派閥清和會（98票）、志公會（54票）、平成研究會（54票）並沒有左右政局的力量。
但自民黨1日已就總裁選舉達成共識，宣布不會採取通常選舉的規則，而是改採國會議員選票加上47個都道府縣黨代表投票的緊急規則。這代表自民黨的黨員及黨友（即黨友組織「守護自由社會國民會議」成員）均無權參與總裁選舉，自民黨派閥的力量大幅提升，加上二階俊博的志帥會（47票）、石原伸晃的近未來政治研究會（11票）早已表態力挺菅義偉，四大派閥的274張選票已經超過當選所需的268票。加上菅義偉在安倍內閣當了將近8年的官房長官，他所建立的人脈也吸引許多無派閥議員支持，9月14日的投票結果已呼之欲出。
問題是現在到底是否符合自民黨章的「緊急規定」，可用黨代表的選票代替黨員、黨友票的普選，自民黨中央與地方黨部的想法顯然不同。這除了片面剝奪黨員權利之外，更讓基層黨員支持的候選人難以出頭。根據《每日新聞》報導，目前共有岩手、山形、神奈川、岐阜、三重、滋賀、大阪、兵庫、鳥取、島根等10府縣的黨部要求進行黨員投票，認為「這是繳納黨費的黨員最大的權力」，並且有效反應地方心聲。
自民黨中央給出的說詞是，為了不要出現「政治真空期」，因此才會採用「總裁任期中空缺的緊急規定」，這也讓自民黨總裁選舉的總票數從788票大幅降為535票，實際掌握政治權力的自民黨議員們，決定自家總裁的份量也顯然加重許多。加上自民黨內的「派閥政治」仍是主流，僅有64位該黨議員沒有加入任何派閥，成員眾多的主要派閥領袖幾乎可在密室之內喬定首相人選，這也讓人懷疑所謂「緊急狀況」，只是派閥領袖想搓掉他們不喜歡的人選。
共同社報導，自民黨青年局長小林史明募集超過140位自民黨國會議員的簽名，8月31日向幹事長二階俊博要求實施黨員暨黨友投票，但顯然自民黨中央不願改變意向。小林史明在9月1日的自民黨總務會後對媒體表示：「確實聽到了來自全國的呼聲，但無法回應，非常抱歉。」得益於派閥領袖相挺的菅義偉，1日在記者會上對「開放黨員投票」一事表示「這裡不是作為一名國會議員表達見解的場所」，迴避了這個尖銳問題。
