日前促轉會進入政大，查封國民黨交由政大協助數位化的台灣省黨部文件，引發國民黨不滿，19日發表新聞稿稱此舉「違反程序正義 侵害大學自治」。目前文件已在國民黨表達異議下封存。30日立院司法法制委員會上，民進黨立委劉世芳提醒促轉會，應先確認國民黨2017年與政大簽的委託管理書有沒有違反《促轉條例》，若有違反要促成他們解約才能做後續處理，行政程序不該有瑕疵，否則檔案解封時會再遇爭議。
劉世芳也表示，目前查封的124箱台灣省黨部資料，聽說只有台灣省黨部文獻的十分之一，另外十分之九所有人還是中國國民黨，且據聞藏放在新北板橋、桃園八德等地，若未依行政程序妥善處理，其它文件要是國民黨宣稱遺失、泡水銷毀，反而「呷緊弄破碗」。
立院司法法制委員會當天邀請促轉會主委楊翠列席報告業務並備質詢，劉世芳質詢楊翠時，楊表示進到政大封存檔案，是依 《促轉條例》第15條；還原歷史真相組組長石樸補充，9月18日與政大開協調會，政大說他們沒辦法保全檔案不被攜走，劉則追問，「國民黨有代表來嗎，你有三方協調嗎？」石樸表示，當天有政大主秘、圖書館副館長、承辦同仁，「我們沒有通知國民黨」。
劉指，國民黨將檔案送到政大協助數位化時有簽「委託管理合作協議書」，為什麼促轉會認為有封存緊急性？石稱，國民黨沒向促轉會通報這批檔案，直接送給政大；今年5月促轉會完成國民黨主動通報的4萬多筆檔案審定後，才發現107-108年這124箱省黨部檔案被移動。
石稱，8月5日，促轉會副主委和2位委員到政大協商，跟校長請示，為了保全檔案不被移動或銷毀，希望學校同意封存，但當天校長反對。事後促轉會發了2次公文，請學校提供檔案給促轉會做審定，也有復知國民黨，但對方拒絕。
劉表示，促轉會應要注意行政程序，「現在不是在逮捕現行犯」，她也問，政大和國民黨簽管理書時，有沒有違反促轉條例？石樸指，檔案所有權人國民黨沒通報，9月18日請請政大到促轉會協商，政大無法承諾協助促轉會審訂。
石樸表示，918當天上午的協調會有口頭告知政大下午想封存檔案，政大表示尊重促轉會職權；石指政大和國民黨有簽合約，相關保存問題應由政大通知國民黨。當天下午封存時，國民黨也有派代表到現場，並要求全程錄影、表達異議也一併記錄，最後3方確認、簽名，調查記錄也發給政大和國民黨。
劉強調，除了《促轉條例》和行政程序，促轉會在發公文時要請行政法專家協助，不應有行政程序瑕疵，否則就算現在封存以後，未來要檔案解封，也不能只找政大，還要找國民黨，甚至應請促轉會律師一併說明。
