據了解，為取得美方信任，我國防部隨後納編政戰局、軍備局、通資次長室和國防部採購室等相關部門，建立出一套合約廠商的安全調查機制，未來只要參與國防部的武器國造計畫廠商，相關涉密人員都必須接受事前的安全查核。
據指出，政戰局4月底在保防安全處下新設立了「安調辦公室」，負責參與國造專案的人員安全查核，另軍備局和通資次長室則負責廠商的廠房和通資系統調查，以確保從人員、廠房到通資系統都沒有洩密疑慮。
初期先查潛艦、國機國造廠商 中科院、台船、漢翔都在列
官員強調，這項新建立的廠商安全調查機制，和先前外界質疑的《保防法》完全無關，主要是用來避免國防部合約廠商洩密，而且屬自願接受安全審查性質，想要與軍方合作的廠商，要先簽署同意書，並在合約中定有保密切結條款，如不願接受安全調查，廠商可以不要來投標，軍方對此在開標時已有聲明在先。
官員指出，目前和國軍合作研製、採購的專案高達6500多件，只有重大並有高機敏性質的專案會對廠商進行安全調查，初期先以潛艦國造和國機國造等重要專案人員進行調查，其中包括中科院、台船和漢翔等涉密人員，而且是涉及戰鬥系統、雷達或飛彈等關鍵技術的部門，並非全面性安全調查。
軍方經評估認為，目前已有《國家機密保護法》等，一旦有涉案人員洩密，已有刑事懲處的責任規範，民事上則可透過與廠商解約並求償的方式處理，所以暫無修法的必要，現階段先以行政辦法律定相關機制，預期應可以達到防堵國防科技外洩的效果。
官員說，為推動潛艦國造和國機國造，建立廠商安全調查機制本來就有必要，美國的國防廠商早有這套機制約束，只是台灣過去卻沒有，對此美方的確不放心把潛艦技術轉移給台灣，軍方新建立的這套機制，也是參照美軍經驗的作法，這次就是藉「蒙特瑞會談」向美方說明，希望讓美方放心，能夠同意售台潛艦關鍵技術。
