遠雄也稱，北市府僅有2012年的「北安路地下室過度開挖至公路」以及「士林官邸整體高度超高」2案，依照58條採取停工處分，其他自2014年初始至2015年4月30日共21案，縱使起造人未依核定圖說施作主要構造，也僅依照87條處以罰鍰，並要求補辦手續。
市府則指稱，當時會處以停工處分，是因為遠雄對於「修改」稱不可能，「強制拆除」或「恢復原狀」的處分又不利於大巨蛋現狀，加以市府掌握79處的施工情況與已核定的圖說不符，且都是主要構造，因此，「停工」才最有利於遠雄。
針對遠雄稱可於竣工後一次報備，市府回應表示，唯有不涉及「主要構造」的變更才可如此處理，否則，需依照《建築法》39條得先申辦，而「主要構造」的定義則在《建築法》第8條中有載。
不過，有趣的是，該主要構造的定義，確實沒有言明兩邊爭執不下的「樓梯」究竟算不算「主要構造」，這或將構成法官在此次裁判時的自由心證。市府認為，樓梯與樓地板相連，且涉及民眾逃生，當然算主要構造；但遠雄方卻認為，施工中為方便工人通行，會闢建屬於臨時性的樓梯，未來仍會改變樓梯位置，兩邊僵持不下。
【爭點3】停工前2小時才發文要求補正合理嗎？
遠雄出示公文表示，勒令停工的都發局建管處在5月20日停工前2小時才發文遠雄，稱「應立即補辦手續」，顯是依照《建築法》第87條規定要求，因該條文言明，違反相關規定「處九千元以下罰鍰，並勒令補辦手續」，公文與條文使用相同字眼，兩者顯然可相連結。
遠雄方表示，北市府於停工前2小時才發文要求補正，2小時後就叫遠雄停工，根本來不及時間補手續就被要求停工，不合理。
市府回應，大巨蛋全區停工符合比例原則也無違誤，因79項缺失是客觀事實，遍佈在全區佔比67%的施工範圍，基於公安與急迫性考量，在台灣建築中心審查完畢之前，都無法確認安全，因此，做出勒令停工處分。
至於市府不採取遠雄所稱《建築法》第87條給予9000元罰鍰處分，柯市府稱，該法涉及的是工地的「輕微瑕疵」，但大巨蛋涉及全區防火避難性能的重大瑕疵，因此，依《建築法》58-6條要求停工，遠雄改善79處才可以復工，市府也才會廢除停工處分。
【爭點4】停工理由是否違反明確性原則？
在北市府給予遠雄的大巨蛋520停工理由中，包含了古蹟毀損、捷運隧道產生裂縫、違反環評承諾事項等，且經市府多次通知改善未果，監測數據持續惡化，對基礎大底完工日期說法反覆，承諾修約事項也未能達成，且81處（後改成79處）主要構造與核定圖說不符，勒令停工。遠雄認為，市府上述停工理由，顯已違反依法行政、明確性原則、不當連結禁止原則，因其中多項與市府所稱的「違反《建築法》58-6條而停工」無關。對此，市府稱，是以79處不符合施工圖說為主要停工理由。
大巨蛋勒令停工一案，台北高等行政法院一審判決今天出爐，由於該案對兩方都有重大影響，敗訴一方上訴的可能性極大，若今日法院判決停工屬違法，遠雄勝訴，將有機會向北市府要求違法停工期間共2年多的所有管理成本，包含大巨蛋園區上萬處鏽蝕、工地維護，甚至增加遠雄未來經營周邊商場的時間，若北市府勝訴，則停工責任就會歸在遠雄方，相關責任也由遠雄埋單。
本案合議庭審判長為黃本仁，另有法官蕭忠仁與林妙黛，黃本仁日前也表示出對此案的壓力，呼籲兩方各退一步，不過，兩方並未有任何退讓的跡象。
