原轉會所提議案，皆相關台灣原住民族群過往歷史之不正義、族群未來整體發展及未來願景，多屬嚴峻的法律層次甚或超越現行法，並非現有法規、行政機關組織所能應對處理。總統府原轉會所提議案，本質上皆屬原住民族「主管機關」原民會之相關業務範疇，族人透過原轉會機制而揭露，然未來實務執行必然回歸行政部門，歷經三年共計13次原轉會議之實際運作，呈現實務執行上之盲點概述如後。
一、105年08月01日總統核定之「總統府原住民族歷史正義與轉型正義委員會設置要點」等，該草案之研訂，係於原轉會各族群代表尚未成立前，且係無前列可循下所建制，更無滲入族群代表意見，應重作研議檢討。
二、三個月召開一次會議之原轉會，欠缺族群橫向溝通聯繫機制，應規劃增設「期中會議」，並於提案表送出期限前一週內舉行。「期中會議」重點為：1、對上次會議提案之處理情形作專案說明，俾作委員提案之參考。2、各委員代表規劃提案之意見交換達成之共識，可避免遺漏或重複提案。3、初審各委員所提議案是否符合提案規範。4、族群委員相互溝通及相互徵求提案連署。5、下次會議核心議題達成共識。
三、目前原民會除前述支援原轉會會議之工作人員外，原住民族之「主管機關」似技術性自我「罝身事外」之設計。即原轉會各提案係由總統府會議工作小組，按業務屬性直接分案各相關業務之主管機關，各業務主管機依現行法逕作回復而回歸原點。屬行政院原住民族主管機關原住民族委員會，實應併同建制與總統府原轉會「相對應機制」，即屬「行政院層次」之處理應對機制，實際執行總統府原轉會所提議案，並以主管機關之高度，專責全案承接列管，並逐項分析研提議案之「可行性、價值性、未來性及與中央各部會高層溝通或研議修法方向及後續處理等相關事宜」之制度設計，非要直接依現行法回應並快速結案為目的。
四、因總統府原轉會僅有「提案權」，故所列管執行案件，應由具行政權之原住民族主管機關原住民族委員會「相對應機制」協助追案、瞭解案情及溝通協調。並可依循行政組織系統及原民會各族群代表委員作宣導，讓地方政府及部落族人瞭解總統府原轉會之工作情形。行政院原住民主管機關原民會，應上對總統府原轉會、下對各原住民16族群及地方政府，更重要的為橫向(各相關部會)之構通協調。
五、為補足國會議員制度上之缺漏，應強化原民會各族群委員之族群代表性，以符合族人之高度期待，亦符總統「由下而上」民意及夷將主委「部落為主體」之施政理念。於第十次委員會議中提出，原民會回覆：「----掲示本會組織編制己納有各族代表之機制，次按本會處務規程第3條所定委員權責，已賦予委員得於委員議提出本會相關議案、對本會業務改進意見之提議之權責」。惟由原民會主任委員欽點指派之各族群代表委員，實難有監督原民會之實務。定名為各族群代表委員，即應為由各族群遴派(非中央指派)，並定位為族群派赴中央之民族代表，除法定權責外，應併專責中央及地方溝通之橋樑、部落民意咨詢及反映、承上啓下及代表族群協助並監督原民會為本職之制度設計。另屬總統府之原轉會委員更不宜涉入或干擾地方行政及政治，並直接侵犯原民會原住民族「族群委員」權責，疊床架屋業務競合之制度規劃設置，應併重行檢討。
