新閣揆賴清德甫上任，內閣進行微幅改組，部會首長僅換3人，包括金管會主委顧立雄、國發會主委陳美伶，另外經濟部代理次長沈榮津明天也將重行任命為部長，其餘閣員皆予留任。賴院長並於上任時強調，新內閣不是「戰鬥內閣」，也不是「選舉內閣」，而是「做實事內閣」。此外，行政院按例撤回前任院長林全任內送到立法院審議的「107 年度中央政府總預算案」，賴院長並指示重調預算，預計最晚9月13日完成預算調整。
由於多數部會首長遭留任，新任閣揆如何協調行政院組織調整之立場與方向乃值得重視。尤其「行政院功能業務與組織調整暫行條例」將於民國107年1月底即將到期，然而目前仍有內政部、經濟及能源部、交通及建設部、農業部、環境資源部、陸委會等6個部會組改法案尚未三讀及所屬44項組織法案待完成立法。有關目前組織改造之爭議重點可列舉以下面向可供討論:
一、「國家公園」的歸屬：內政部與環境資源部間之拉距
國家公園按既定規劃，乃是規劃納入環境資源部。然而據媒體報導，內政部長葉俊榮堅持主張國家公園因屬國土規劃一部份，故堅持將營建署所轄國家公園業務留在內政部，而非規劃移撥環資部。葉俊榮部長曾於民國94年於扁政府擔任研考會主委時，力主國家公園納入環資部業務，然而現任內政部長，立場卻與過往不同，因而招致本位主義之批評，兩部會首長如何有效協調，獲得共識乃值得關注。
二、林務局、林業之歸屬：農業部與環境資源部間之拉距
按原先組改既定規劃，乃是將林務局歸於環境資源部。民國105年2月，立法院三黨組改協議內容，包括「森林保育、土木保持、水利及國家公園」等業務移入環資部，然而農委會則訴求將林務局留在農業部。農委會認為林業生產及保育無法切割，主張林務局、林試所，及特種生物中心全數保留在農業部。有關林務局與林業之歸屬，就其論者爭點乃在應對極端氣候型態，高複合性天然災害潛勢的台灣，是以林業經營還是涵養資源、森林保護為重？
三、蔡政府延緩執行馬政府公布海洋委員會之施行日期
立法院104年6月16日三讀通過「海洋委員會組織法草案」、「海洋委員會海巡署組織法草案」、「海洋委員會海洋保育署組織法草案」及「國家海洋研究院組織法草案」，以統合海洋相關政策職能，提升海域與海岸巡防，推動海洋生態保育，以及強化海洋研究量能等。而馬政府時期行政院發布行政命令公布民國105年7月4日施行， 然而，民國105年立法院重新改選後，民進黨位居立院第一大黨，該年3月21日立法院通過臨時提案，暫緩施行「海洋委員會組織法」。行政院則於同年6月30日發布命令讓「海洋委員會組織法」、「海洋委員會海巡署組織法」暫緩施行，而以執掌業務仍有爭議，重新規劃海洋委員會之定位，直至民國106年8月行政院才敲定海委會與所屬海洋保育署明年4月成立，地點設在高雄，現今之行政院海岸巡防署也將改隸為海洋委員會。
