日本的第三波疫情在進入11月後再次攀上高峰，幾乎每天都有超過兩千人確診（10月份的單日確診幾乎都在800人之下）。為了防堵疫情擴散，日本政府14日終於決定暫停「Go to Travel」旅遊補助計畫，對已經接受預約的商家將給予旅行費用50%的賠償。不過北海道醫師會長長瀬清14日表示，國民健康當然比經濟發展重要，此時才決定暫停「Go to Travel」補助已經是太遲了。
日本的新冠疫情從12月9日起屢創單日確診新高，12日更是一舉衝破三千人（3039人）。雖然13日之後確診人數稍見下降，但新冠疫情的專家會議提出建言，希望將疫情嚴重地區排除在「Go to Travel」的國內旅遊補助之外，在野黨與地方政府則批評菅義偉領導的中央政府無所作為，第三波疫情的擴大根本是人禍。日本政府14日傍晚終於決定，「Go to Travel」從12月28日到1月11日全國一致暫停，札幌、東京、大阪、名古屋即日起到27日暫停。
國土交通大臣赤羽一嘉15日在閣議後的記者會指出，「Go to Travel」的暫停期間，國家對於旅行預約遭到取消的商家補助從35%提高到50%，單件上限為兩萬日幣。赤羽一嘉深知在新年假期的關鍵時刻停止補助，對於日本經濟恐將造成衝擊，他也呼籲業者在遏止疫情擴散的關鍵時期同體時艱，政府也會在各地的運輸局設置諮商窗口，提供資金洽談與雇用支援業務。
立憲民主黨代表枝野幸男則批評，在野陣營批評「Go to Travel」政策已經超過一個月，政府卻始終無所作為，才會讓日本目前的疫情陷入惡化。等到攸關店家重要生意的新年假期，政府的緊急措施這才姍姍來遲，這無異對旅遊與餐飲業帶來了更沉重的打擊。枝野直言這根本是政府的失策，強烈要求政府拿出補償對策。《日本經濟新聞》指出，菅義偉一直想在經濟與防疫之間取得平衡，但上個星期的疫情失控，才讓菅義偉痛下決心暫停「Go to Travel」補助。
《日本經濟新聞》稱，日本政府對於11月開始的第三波疫情始終沒有提出積極對策，幾天前在節目中被問及暫停「Go to Travel」的問題時，菅義偉還回答「目前尚未考慮」。菅義偉在11月下旬喊出的「勝負的3週間」、以餐飲業縮短營業時間為主的對策顯然沒有效果。12月12日出現單日破三千人確診，更讓專家會議警告「感染地區可能擴大，必須提出有效防疫對策」；加上菅義偉內閣的支持率跌落到40%的新低（比11月的高點下降了17%），《每日新聞》12日的民調顯示，有六成受訪者對政府的新冠對策感到不滿。
