戰爭爆發前數個月，哈比亞利馬納評估情勢，發現FPR不管是武器、訓練和紀律都遠高於他的軍隊，他決定允許圖西難民返家，同意讓FPR加入過渡國會，並答應把軍中一半的高層位置讓給FPR。當時連圖西平民都不贊成這種做法，認為一下子獲得太多權力，只會再次引發胡圖人的怨恨。
圖西平民的憂慮是對的。1994年1月初，胡圖政府一步步示弱的時候，胡圖極端分子也開始囤積大量來福槍、彎刀和煤油，盧安達人民、FPR、烏干達、美國和其他非洲鄰國都知道，一場腥風血雨即將到來。
1994年4月6日，一架飛機準備降落在首都吉佳利（Kigali）機場，不幸遭火箭砲擊落，飛機上坐的正是盧安達總統哈比亞利馬納，以及他的胡圖族盟友、蒲隆地總統恩塔里亞米拉（Cyprien Ntarymira）（註），機上人員全數死亡。
殺、殺、殺
空難宛如一記鳴槍，胡圖極端分子迫不及待「起跑」，他們紛紛拿起刀械，往鄰人、朋友，甚至妻小的身上砍去，圖西人全都是殺戮對象，甚至連溫和派的胡圖人都慘遭毒手，很多原本還對屠殺有疑慮的胡圖人，最後也抄起大刀，跟著殺紅了眼。2004年電影《盧安達飯店》（Hotel Rwanda）就曾描寫當時慘況，加深了國際社會對這起屠殺的記憶。
胡圖人儘管瘋狂，FPR卻也沒有對同胞伸出援手。盧安達國內陷入一片混亂後，FPR逐步取得勝利，但他們只想奪得政權，主要聚集在北方的首都吉佳利（Kigali）附近，而大部分的殺戮都發生在南方省分。直到7月，FPR攻下首都、盧安達政府垮台之際，70%的圖西人已經命喪黃泉。
卡加梅本人曾直言：「任何媒體、任何人權團體或聯合國成員，都沒有資格指責我與盧安達政府所做的任何事。」維和部隊指揮官達列爾在其撰寫的同名小說《與魔鬼握手》（Shake Hands With the Devil: The Failure in Humanity inRwanda）寫道，他曾向卡加梅提出種族屠殺慘況：「卡加梅知道，FPR每在首都多待一天，就有更多圖西人民被殺死，」達列爾說：「但他故意忽略了我說的話。」
盧安達屠殺之謎
FPR在這場戰爭中的行徑一直模糊不清，例如，那架總統座機到底是不是FPR擊落的？1997年後多項獨立調查都顯示，擊落該架飛機的SA-16s型飛彈和發射器，是蘇聯於1987年賣給FPR，但現今的盧安達政府，也就是卡加梅掌控的圖西政府極力否認，所有欲討論這一事件的學者都會遭其打壓、驅逐。
大屠殺過後許多年，時任美國總統的柯林頓（Bill Clinton）一再為了美國沒有及時介入而道歉，「如果我們早一點進去，相信少可以拯救1/3的性命。」實際上，當時各國維和部隊只有協助撤僑，聯合國總部要求避免一切武力衝突，達列爾曾請求兵力支援也被拒絕，直到屠殺發生一個半月後聯合國才決定設立難民營和救助站。
「我們是來維護和平的，不是製造和平。」──《盧安達飯店》
最諷刺的恐怕是，1994年6月，穆塞韋尼在美國接受明尼蘇達大學頒發的「韓福瑞公共服務獎」，該獎項讚許穆塞韋尼終結了烏干達暴政，不少媒體甚至稱，烏干達在他治理下成為「非洲的未來新希望」。當時，大屠殺正在如火如荼蔓延。
註：蒲隆地的歷史和盧安達相似，自16世紀以來，為數只有15%的圖西人一直擁有統治權，控制8成的胡圖人。1993年蒲隆地第一次選出胡圖族總統恩達達耶（Melchior Ndadaye），上任後幾個月卻慘遭圖西人控制的軍方暗殺，因此爆發12年內戰，估計至少30萬人口罹難。
