後來使這個證券化貸款系統變得危險的是，風險日益增加的抵押貸款。在一九九〇年代和二〇〇〇年代，美國當局試圖擴大住宅自有率（home ownership），其目的是要吸引那些遭主流貸款機構所謂的「紅線政策」（redlining）排擠的窮人和少數族裔公民。其結果是，擁有住宅的人口比例從一九九四年的百分之六十三點八，上升到二〇〇四年的百分之六十九點二。
風險最高的借款人被稱為「次級」（subprime）借款人，這些人通常是低收入或收入不穩定的人。有些借款人被稱為NINJA，因為他們無收入、無工作、無資產（no income, no job and no assets）。 但發放貸款的人不太在意，他們根據放款額度賺取費用，而且貸款很快就會賣給其他人，所以放款者無須擔心貸款是否會得到償還。對於購屋者來說，獲取這樣的貸款是踏上房產階梯（property ladder）的唯一途徑；他們也不擔心償還問題，因為他們總是假設可以用更高的價格出售房子。
將這些貸款綑綁在一起像是某種神奇力量。個人貸款可能具有風險，但發行機構向投資者保證，不太可能有屋主同時違約。此時市場出現另一種金融工具，旨在確保投資者免受債券違約風險，作為繳付保險費的報酬，投資者實際上會得到債券的面額價值。這種契約稱為「信用違約交換」（credit default swaps，簡稱CDS），並打包出售給投資者。
換句話說，整個金融工具（instruments）金字塔都搭建在借款人償還抵押貸款的意願和能力上。信用衍生性金融商品（credit derivatives，金融工具的說法）的總價值從二〇〇四年的五兆美元增加到二〇〇六年的二十兆美元。
在二〇〇五年和二〇〇六年，群眾可能還沒意識到這是一個嚴重的問題。透過從銀行的資產負債表上扣除抵押貸款，整個系統內的風險被重新分配給更有意願且更有能力承擔風險的人。二〇〇五年十一月，時任聯準會主席的柏南克表示：「就安全性而言，衍生性商品絕大部分是在非常成熟的金融機構和個人之間進行交易，他們具備相當大的動機去理解和正確地操作這些商品。」
但真正的問題是，銀行終究面臨著次貸市場的風險。首先，一些證券化貸款不易出售，仍停留在銀行的資產負債表上。第二，銀行把錢借給了那些購買昂貴證券的人，如果市場崩潰，而借款人又無法償還，銀行就會面臨風險。第三，也是最重要的一點，銀行的資產負債表並沒有監管單位想像得那麼安全。
