司法院大法官於2000年1月15日公佈釋字520號解釋。釋憲文中並未明確指出行政院停建核四的決策違憲，但基於行政機關對立法機關負責的憲政架構，行政院在變更重大國家政策時，須向立法院報告，並爭取立法院積極的同意。張俊雄院長於1月30日赴立法院報告，表示為了推展「建立非核家園」的政策，核四必須停建。該項訴求無法被立法院反對黨立法委員接受，立法院於1月31日通過核四復工決議。行政院與立法院在核四興建與否的爭執上，陷入僵局。後經過協商，行政院與立法院於2月14日達成協議，行政院宣佈核四復工。臺電公司通知各主要包商立即準備復工。行政院與立法院協議的內容包括二點：「我國於未來達成非核家園之終極目標」及「行政院將提出能源相關法案，函請立法院審議(能源相關法案僅限於核能法案)」。2002年立法院通過「環境基本法」，第23條 政府應訂定計畫，逐步達成非核家園目標；並應加強核能安全管制、輻射防護、放射性物料管理及環境輻射偵測，確保民眾生活避免輻射危害。該條文確立了臺灣成為「非核家園」的終極目標。
政策的反覆
核四從2000年10月27日到2001年2月15日之111天的「暫緩施工」，對電廠的工期帶來極大的衝擊。在111天「暫緩施工」期間，包商已將設備撤離生產線，或者將工作人員調往其他計畫。當接到停工通知後，美國奇異公司龍門計畫的人力從300人減為100人。將設備重新放入生產線，將工作人員重新組織起來均需要時間。另一項造成工期嚴重延緩的原因為，在「核四計畫再評估」期間，經濟部禁止臺電公司進行與核四相關之工程與設備的招標與購買。核四的暫緩施工造成工期嚴重的落後，工期的落後將造成包商們的損失，包商們向臺電公司求償或者直接解約。核四廠興建合約沒有採用統包的模式，亦即所有的工程項目與設備採購都由臺電的工程部門自行處理。在國家採購法的限制下，採購程序非常繁瑣費時，價格的高低幾乎成為得標與否的唯一考量，得標者不一定具有需要的施工能力；合約爭議的處理所需的時間更非臺電公司所能控制。合約爭議處理與招標程序的不順利，造成興建工程工序的混亂，核四的商轉日期一再的延後，投資金額逐次攀升；加上反核團體持續誇大散播核四的工程缺失，讓民眾對於核四廠能否安全運轉沒有信心。事實上，民進黨政府執政後期，當時行用院副院長蔡英文直接介入，協助臺電公司解決核四工程相關問題。
2008 年國民黨重新贏回政權，6月5日公布永續能源政策綱領，明確的宣示，為符合國際化碳減排的趨勢，核能為臺灣未來能源的重要選項。在安全無虞的前提下，核四廠完工商轉；核一、二、三廠延役；將核能是為低碳能源，2025年臺灣電力系統中低碳能源的裝置容量占比為18%，臺灣將興建6部核能機組。2009年國民黨政府召開全國能源會議(每四年一次)，於會議中確應此政策。
