二、曾志朗院士於1999年獲選為陽明大學第3任校長，2000年應總統之請，借調擔任教育部長。陽明大學校長一職由教務長吳妍華教授代理。
三、陽明大學隨後組成校長遴委會，當時為兩階段校長遴選。陽明大學遴委會選出吳妍華教授等3位候選人，送至教育部遴委會，教育部遴委會圈選時於美國任教的第一候選人，教育部長曾志朗依部定程序，尊重遴選委員會意見，圈選其建議之人選。惟該名候選人後來因故取消回台就職，教育部遴選委員會再次審議後，推薦代理校長吳妍華，呈部長核定。吳妍華代理校長於2001年11月正式就任陽明大學第4任校長，並經陽明大學校務會議通過續任案（2005年11月至2009年11月），且代理至2010年8月第6任校長梁賡義院士就職前。
四、交通大學第10任校長遴選委員會的召集人為前交大副校長、光電工程學系榮譽退休教授祁甡，曾志朗院士並非遴委會召集人。遴委會選出吳妍華院士為新任校長，於2011年2月正式就任。
五、國立大學校長產生，非由部派遴選委員決定校長人選，而是遴選委員會共同決策的機制運作。遴選委員會皆以公正、公平、客觀之原則設立，絕無可能因個人或2、3人力量而影響校長選舉之情事。報導內容指控曾志朗系統校長和劉兆漢院士、吳妍華校長操弄與把持國立大學校長遴選，嚴重詆毀個人聲譽，及破壞學術信賴體制。
國立大學校長遴選委員會的組成，皆依據「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」，以公正、公平、客觀之原則設立。以交通大學第10任校長遴選委員會為例，組成人員包括9位交大各學院代表、2位交大校友代表、7位社會公正人士，及3位教育部代表，共21位，名單多元且具有代表性，校長人選並經全校教師投票同意，未如報導所述，能以個人或2、3人力量，影響國立大學校長選舉之情事。所有國立大學校長的遴選皆如此。
