特朗普也使尋找病毒起源的工作變得復雜。他直接指責是中國武漢實驗室的一次事故引發了這場大流行。雖然一些專家說，不能排除這種理論，但目前還沒有證據支持。
研究新冠病毒的起源對預防未來的大流行至關重要。雖然世界衛生組織的一個國際小組計劃在1月初訪問中國，調查這場大流行的起因，但其成員和議程必須得到中國的批准。
一些公共衛生專家警告說，中國拒絕讓國際科學家進一步進入中國，而此舉已經危及了近20年前確定非典爆發源頭的全球合作。
加州大學戴維斯分校健康研究所的創始執行主任馬澤特（Jonna Mazet）說，中美科學家之間缺乏合作「令人失望」，美國科學家無法在中國工作帶來的後果「是毀滅性的」。
她說：「有太多的猜測圍繞這種病毒的起源，我們需要退後一步......讓科學家得到真正的答案，而不是指責。」
北京如何嚴控疫情起源調查
對新冠病毒起源的隱秘追尋顯示了中國政府是如何試圖引導這種說法的。
搜索始於武漢華南海鮮市場，這是一個龐大的、低矮的集合建築，首批人類新冠病毒病例就是在這裡發現的。科學家們最初懷疑病毒來自市場上出售的野生動物，比如與非典傳播有關的狸貓。
去年12月中旬，華南商販江達發(音譯 ）開始發現有人生病。首先是一位60多歲的打工者，在攤位上幫忙清理動物屍體，不久，和他一起下棋的朋友也病倒了。第三個是40多歲的海鮮販售商人，他也被感染，後來死亡。
病人開始陸續湧入附近的醫院，到12月下旬觸發了警報，驚動了中國疾控中心。中國疾控中心主任高福立即派人調查。
起初，研究工作似乎進展迅速。但江達發說，1月1日一夜之間，市場突然被勒令關閉，禁止商販取物。中國疾控中心的研究人員從門把手、污水和市場的地板上收集了585個環境樣本，當局用消毒劑將綜合體噴灑下來。之後，他們會將裡面的一切東西用推車搬出來，然後焚燒。
美聯社獲得的中國疾控中心內部數據顯示，到1月10日和11日，研究人員正在對武漢的幾十個環境樣本進行測序。為世衛組織提供建議的加拿大微生物學家科賓傑爾（Gary Kobinger）給他的同事發了郵件，分享了他對病毒來源於市場的擔憂。
他在1月13日寫道：「這種冠狀（病毒 ）與SARS非常接近。如果我們不管意外......那麼我會想查看這些市場上的蝙蝠（出售和野生的）。」
到1月下旬，中國國家媒體宣布，其中33個環境樣本的檢測結果呈陽性。在提交給世衛組織的一份報告中，官員們說，有11份標本與新的冠狀病毒相似度超過99%。他們還告訴聯合國衛生機構，大小老鼠在市場上很常見，大多數陽性樣本集中在一個小販買賣野生動物的區域。
