經濟部官員不滿的是，能源國家型科技計畫執行人員，多半是學界出身，對於台灣能源政策仍不甚瞭解，監察院調查期間，還得靠能源局協助提供資料，如今該計畫併入經濟部後，竟然搖身一變成為能源局的頂頭上司，有外行領導內行之嫌。
綠能科技產業推動中心學研計劃 高達85.5億元
根據今年4月行政院核定的「綠能科技產業創新推動方案」，經濟部「綠能科技產業推動中心」目前掌握相關學研計劃，今年度高達85.5億元，其中包括綠能旗艦計畫13.4億元、基磐計畫33.9億元與石油能源基金 38.2億元，近百億元的學研計劃，投入第二期能源國家型科技計畫（NEP-II）部分，就高達46.86億元。其他推動業務，還包括沙崙綠能科學城聯合研究中心（科技部主責）、綠能科技示範場域旗艦計畫（經濟部主責），當時經濟部呈報NEP-II計畫，預計創造綠能展經濟效益達共486.1億，並且減少314.1萬噸碳排放。
對於經濟部內部批評，「綠能科技產業推動中心」係NEP-II人員「空降」經濟部，行政院方面表示，過去長期投入能源國家型科技計畫的學者，對於能源產業已有一定程度了解，相關人力移撥到「綠能科技產業推動中心」可以無縫銜接，否則從人才培育角度是一種浪費。
