在庫德族通過獨立公投、與伊拉克政府關係緊張之際，伊拉克政府軍16日進佔原本被庫德族武裝佔領的北方大城基爾庫克。隨著庫德族旗幟被降下、伊拉克國旗被升起，庫德族自治區也失去了這個重要的產油重鎮，伊拉克也宣布徹底收復基爾庫克。不過庫德族武裝並未堅守此地、而是選擇提前撤離，原居此地的數萬名庫德族人也驚惶撤離。
基爾庫克距離巴格達238公里，是伊拉克的基爾庫克省首府，並不屬於庫德族自治區，但無論是基爾庫克省還是城市，庫德族佔人口比例都超過48%。2014年6月，伊拉克政府軍面臨IS接連攻下北部重鎮後，棄守基爾庫克，庫德族則趁機派遣安全部隊「敢死隊」（peshmerga）進駐基爾庫克，該城自此由庫德自治政府管理。
庫德族自治區9月底舉行了被伊拉克政府宣布為「非法」的獨立公投，遭到庫德自治政府佔領的基爾庫克也設有投票所。獨立公投雖然以92%的支持率獲得通過，但庫德族自治區遭到伊拉克中央政府及土耳其、伊朗等鄰國孤立，伊拉克政府軍也向基爾庫克集結，一時間各方都擔憂庫德族自治政府與伊拉克是否要正式開戰，庫德領導人則誓言捍衛基爾庫克，宣稱包括「敢死軍」與什葉派民兵在內的部隊都已集結完畢。
據伊拉克國家電視台報導，伊總理兼武裝力量總司令阿巴迪16日凌晨下令政府軍進駐基爾庫克省。十幾輛伊軍裝甲車當日便開進市區，奪取省政府辦公大樓、進佔重要軍事設施、機場與北方石油公司（North Oil Company）的設施。根據外電報導，雖然15日晚間在基爾庫克以南地區曾有零星交火，這次行動「基本上沒有遭遇抵抗」，庫德族武裝顯然已經預先撤出，數以萬計的庫德族人也往庫德族自治區遷徙。除了撤出基爾庫克市以外，庫德族武裝16日還從薩拉赫丁省的圖茲胡爾馬圖、迪亞拉省的蓋拉塔佩、賈勞拉等城市撤出。
隨著伊拉克政府軍推進、前往基爾庫克採訪的半島電視台記者史丹佛（Charles Stratford）則表示，這次軍事行動出乎意料地順利，因為政府軍只花了15個小時就收復這個石油重鎮，而且看起來敢死軍已經預先全部撤離。不過許多庫德族人都對這場撤軍行動非常憤怒，還有敢死軍成員設法說服同袍返回基爾庫克防禦，但是這已無關大局，眼下見到的是更多驚惶的老百姓逃離這座城市。法新社記者則見到數以千計的居民逃離基爾庫克市，車潮湧向庫德自治區兩大城市阿比爾（Arbil）和蘇萊馬尼亞（Sulaimaniyah），基爾庫克的出城道路甚至因此塞車。
庫德族自治政府每天出口石油超過55萬桶，其中大部分來自基爾庫克及其周邊的油田，庫德族自治政府目前掌控區域的石油產量約佔伊拉克全國石油總產量的15%。半島電視台稱，基爾庫克是伊拉克兩大產油區域之一，原油儲量甚至達到全球的4%。這場危機已促使國際油價上漲了2%，因為人們擔心原油供應可能受到影響，基爾庫克的油田也確實因為這次行動短暫停產。
What happened in #Kirkuk is a blow to what America &the coalition have been trying to establish in the past decades or so! What happened in Kirkuk is a blow to democracy, liberty &the right to an honorable & secular life in a region ruled by tyrants backed by western power. pic.twitter.com/yRLEhBjCPZ
— Kajal Mohammadi (@KajalMohammadi) 2017年10月17日
在基爾庫克失守後，庫德族武裝表示巴格達政府將為此「付出慘重代價」。川普16日表示：「多年來我們和庫德族人維持著非常好的關係，大家知道我們也站在伊拉克這邊。我們不喜歡他們正在發生衝突，（但）我們在這場戰鬥中不會選邊站。」美國駐巴格達大使館則要求各方立即停止軍事行動，強調「『伊斯蘭國』仍然是伊拉克真正的敵人，我們敦促各方把注意力集中於此。」
What’s up with Kirkuk? Today's Situation Report: https://t.co/3XiHrV5Nin pic.twitter.com/8P1NuXdQaJ
— Foreign Policy (@ForeignPolicy) 2017年10月16日
相較於川普政府的中立態度，共和黨重量級參議員馬侃則態度強硬。他警告伊拉克政府軍，「美國向伊拉克政府提供設備和培訓是用來打擊伊斯蘭國、保護自己免受外部威脅，而不是用以攻擊本國的地區政府」。馬侃說：「庫德族人是美國重要的的長期合作夥伴，如果我們看到美軍裝備繼續被錯誤地使用，這將招致嚴重後果。」
