台灣整體學術水平因為諸多結構性因素的扭曲，而愈益向下沉淪、趨於崩壞。成事不足、敗事有餘的教育部和科技部所推出的諸多政策，是其中最主要的惡因。
首先，這20年來教育部和科技部迷信新管理主義，以競爭型獎補方式搭配各式績效評鑑，造成台灣各大學校園原本多元、深邃的學術生命力，全面性的被量化數字和指標所扼殺。大學中的時間、空間和研究、教學活動等諸多不可共量、不可化約的異質面向，逐漸地被換算成等量齊觀且具有交換價值的數字和指標。這整個過程可說是台灣高教主體性物化和大學知識分子異化的過程。外顯的數字和指標，把大學校園中，教授與學生在探求真理過程中，自然滋長的心領神會和歡會神契給遮蔽了。師生之間只剩下各自的利益計算和貌合神離的虛情假意。
這20年來，這兩個部會更換過無數的部長、次長和司長，每一任的任期都不長，但他們大多急著在短暫的任期中，提出大而無當、缺乏永續性的計畫。卻在政權轉移過程中，政隨人轉、人亡政息。繼任者常常無心於賡續前任的政策，而覬覦從自己提出的新計畫中展現政績。從長時間來回顧，我們可以發現，教育部和科技部的許多計畫之提出，皆欠缺深思熟慮或忽視審議式民主程序，結果執行上曾喧騰一時，不久便歸於寂靜。缺乏永續性的政策總是如高空煙火般曇花一現，卻煙花易冷且衍生許多非預期的後果。當我們在回顧這些官員的政績時，沒有人會細細追究他們是否應為政策執行的負面後果負起政治責任。於是台灣高教就在政客的起起落落中、計畫不斷地推陳出新中沉淪下去了。
儘管人事不斷更迭、計畫不斷翻新，但績效主義的信仰卻成為歷久彌新的超穩定結構，成為評量大學方方面面的唯一判準。從頂尖大學計畫、教學卓越計畫、典範科大計畫、科技部各項計畫，乃至校務、系所專業評鑑和內部教師評鑑等，大學校園和大學知識分子們一方面瘋狂地搶奪政府計畫，一方面窮於應付各類評鑑和訪視，造成的是整體高教盲目的過動和各類研究、教學的淺碟化和速食化。
在學術研究方面，被期待短期速成的計畫申請和成果報告，壓縮了學術深思熟慮的條件，對學者而言，最安全的研究取徑就是在既有的典範、理論和方法論預設下，提出呼應或印證學科主流觀點的計畫。在現有的評鑑酬賞體制下，套用既有模型來快速量產論文，成了台灣學者力爭上游、掌握權力及利益的主要路徑。
這造成了一種路徑依賴的慣性，也就是，不斷地沿用既有的思維框架，提出研究假設和預期發現，無意間造成台灣大量研究計畫的套套邏輯和同義反覆。在台灣現有的制度環境內，這樣的路徑依賴是最被鼓勵的或最十拿九穩的。反之，勇於逾越學門主流或科際界線的研究計畫，不但鮮少受到鼓勵，更常被計畫審查機制和評鑑指標給系統性地排除或懲罰。
