另外，他還研究密碼學。
1939年第二次世界大戰爆發，圖靈被邀請加入政府密碼和暗號學校（Government Codes and Cypher School）， 這是後來英國情報安全機構——政府通訊總部（GCHQ）的前身。
他領導的小組成功破譯了德國的密碼系統恩尼格瑪（Enigma），使英國事先了解到德國的軍事指揮和計劃，在戰爭中贏得情報戰從而使盟軍佔了先機。
「社會異端」
1949年，圖靈因為二戰中的傑出貢獻被授予大英帝國勳章（Order of the British Empire， OBE），還被任命為曼徹斯特大學計算機實驗室的副主任。
1950年， 圖靈在他著名的論文「計算機和智慧」中第一次提及人工智慧問題。
1952年，圖靈向警方報告的一起盜竊案，是這位數學天才人生的轉折點。在案件調查中警方發現，盜竊案嫌疑人實際上與圖靈發生過性關係。
當年的英國，同性戀仍然為法律不容，圖靈被判犯下「嚴重猥褻罪」。為避免牢獄之災，更為了保護自己學術研究的資格，他同意接受激素注射（俗稱「化學閹割」）。這對他的身體造成極大的傷害，從此一蹶不振。
儘管身體遭受折磨，都未能使他保留住為政府通訊總部工作的資格。從此他再也沒能參加破譯密碼的工作。
1954年6月7日，圖靈被發現死在臥室床上，身邊有一個被氰化物污染的蘋果。當時的調查得出結論說，他是服毒自殺。不過這一結論最近也遭到質疑。研究圖靈的專家認為，圖靈是在實驗中不慎吸入氰化物意外死亡。
無論怎樣，一代數學奇才、計算機科學和人工智慧概念的始創人圖靈，就這樣英年早逝，年僅42歲。
2009年9月10日，在圖靈去世55年之後， 英國時任首相布朗代表政府正式向圖靈致歉。他說，圖靈受到的對待是「駭人聽聞」和「完全不公平的」，英國對圖靈「虧欠了太多太多」。
布朗說：「我們非常抱歉，你本應該享受更美好的生活。」
2019年在英國央行宣佈圖靈成為50英鎊紙幣新面孔之後，時任首相梅伊發了一個推特。她讚揚圖靈在數學和計算機科學領域的先驅成就，以及在結束第二次世界大戰過程中所發揮的關鍵作用。
她還寫道：圖靈將出現在50英鎊紙幣上。「還有什麼能比這樣的方式更能紀念他的成就以及LGBT群體為國家所作的傑出貢獻呢！ 」
為紀念圖靈版50英鎊紙幣，英國政府通訊總部還推出了一套號稱是「史上最難謎題」。
這套謎題被稱為「圖靈大挑戰」（the Turing Challenge），共有12個需要破譯的謎團，難度逐步增加。政府通訊總部的破譯專家說，一個有經驗的解碼高手應該能在7個小時內完成全套。
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