台鐵太魯閣號2日發生嚴重事故，造成50人死、逾200人輕重傷的悲劇。交通部長林佳龍5日凌晨在臉書表示，自己已於事發第一天向總統蔡英文、行政院長蘇貞昌請辭。對此，民進黨前立委林濁水認為，依體制慣例，部長請辭對象應為行政院長，若越級請辭將不利於體制正常運作。
林佳龍提及，自己身為交通部長責無旁貸，當然須承擔一切責任。他第一天即說將負起一切政治責任，向總統與院長請辭。他強調，數日以來的批評他本就應概括承受，也正因做得不夠好、改革腳步不夠快，才須接受社會批判，而辭職便是最基本的負責。「留下的日子不是戀棧，而是求能善後。」
林佳龍表示，因第一時間處在一線協助搶救，不便即時告知民眾此決定，但他強調自己會堅守崗位做好善後工作，全力協助搶救、搶修、撫卹、疏運、配合調查，待搶救暫告段落之際，將「不戀棧職位、負起完全責任，辭去交通部長一職。」
對此，林濁水在臉書發文指出，面對發生的重大交通事故，部長請辭是慣例，但他認為，林佳龍說「當時即已向總統及院長請辭」，是越級請辭。他說明，依照體制慣例，部長請辭對象應該是行政院長，就連沒有過分派系矛盾的民間公司，職員也不會越職請辭的。
林濁水強調，其中最大問題是越級請辭。過去蔡英文在陸委會主委任內也做過一樣的事，甚至還更乾脆，直接跳過院長，直接向當時總統陳水扁請辭。林濁水進一步指出，這意味私人關係先於體制，將不利於團隊正常運作。
