台鐵內部缺乏各種嚴格的SOP把關。這次事故工程車掉落後，包商李義祥該依什麼SOP通報？撞車後7分鐘李義祥通知台鐵花蓮工務段施工主任熊德育，台鐵說工地發生問題包商回報給台鐵很正常，但問題是熊德育第一時間也未通報台鐵，直到一個多小時後到現場才通報，這是台鐵的SOP嗎?
2018年普悠瑪出軌後，台鐵才首次對員工進行普悠瑪故障緊急處理的教育訓練。過去台鐵的教育訓練多只是把書面資料發下，讓員工簽名表示「知道了！」交差了事。在這種形式主義下，雖小事不斷，但只要不出大事，大家平時相安無事，就當做沒事──依普悠瑪事件後的台鐵體檢報告，2014年到2018年9月間，台鐵共發生2,397起行車異常事件，平均每天1.5起。
公司化疑問，政府未好好被回應
太魯閣號出事後，台鐵公司化問題再引起討論。早在2018年6月在鐵路節慶祝活動上，時任交通部長的賀陳旦就宣告，台鐵公司化條件已成熟，將於當年年底前確認公司化方向，且賀陳也支持調整台鐵票價。但賀陳當年7月就下台，接任交長的吳宏謀卻對台鐵公司化喊卡，認為公司化不是要優先推動的項目。吳認為企業化管理比公司化重要；至於票價調漲也要先等到服務品質提升才有討論空間，「至少這1、2年時機尚未成熟」。
台鐵公司化，員工擔心飯碗不保；票價調漲，民眾擔心荷包受損。2003年台鐵也曾推動過公司化，結果上萬台鐵員工上凱道抗議，迫使當時陳水扁政府踩煞車；2018年正面臨九合一選舉，當時賴清德內閣也對這些可能影響選票的變革採取保守態度。
台鐵員工反公司化主因雖是為稻粱謀，但台鐵工會反對的說詞並非完全無理。工會認為，公司化後以營利為導向，勢必調高票價、降低勞動條件來創造獲利，而且更不會做長期投資改善軟硬體，台鐵現有資源與人力不足的困境更難改善，而偏鄉不賺錢路線恐怕也會被砍。工會也懷疑，台鐵推動公司化只是為了活化龐大土地資產。
吳宏謀沒有等到改革「時機成熟」，2018年就因普悠瑪災高下台了；隔年一月林佳龍接任，兩年後又遇到太魯閣號慘劇。台鐵員工反對公司化的質疑也一直沒有被好好回應。
搞錯重點，政府忙著設捐款帳戶
2019年初普悠瑪體檢出爐後，賀陳旦接受媒體訪問時說：「我們朝野上下長期『霸凌』台鐵，台鐵那麼多問題，很多不是他們自己能夠解決的，這必須由行政院國家政策的高度去處理。」「霸凌」或言之過重，但二、三十年來，幾任總統、幾任行政院長以及更多任交通部長都沒能提出「國家政策的高度」處理台鐵問題。台鐵就陷在一個動彈不得的困境，改革牽一髮動全身，沒人敢真的幹。
太魯閣號出事後，《日經新聞》直言，事件暴露了台灣基礎設施糟糕的安全記錄，完全與台灣進步的民主社會不相稱。百餘年前被視為台灣現代化象徵的鐵道，如今卻有如前現代的尾巴。政府該好好以「國家政策高度」處理這個前現代尾巴，比起忙著幫民眾設太魯閣號捐款帳，前者才是政府更該做的正事。
