日前有媒體報導指稱，阿里山森林鐵路自2013年，由林務局委託台鐵局營運後，因預算仍由林務局支應，造成管理上「雙頭馬車」，影響行車安全。林務局25日出面澄清，表示2機關對林鐵的營運，確有部分歧見，但這是因為雙方對森鐵定位的不同，「無涉專業能力，更與安全無關。」
林務局表示，阿里山森林鐵路由台鐵局經營後，台鐵局森鐵處每年都從林務局預算編列3.5至4億元經費，較林務局自行經營時預算擴增約1.7倍。且預算經過台鐵編列後，僅由嘉義林區管理處審酌調整，即交由台鐵森鐵處執行，並無媒體指稱，需要逐案由林務局審核同意，甚至有否決的情況發生。
林務局說，台鐵接手森鐵後，因所有工程都須由台鐵總局辦理，無法由森鐵處自行發包，導致每年預算執行率只有2至3成。為了即時執行計畫，森鐵處和林務局嘉義林管處協調，將台鐵涉及行車安全的工程案件轉由嘉義林管處協助處理，「這就是報載何以2014年阿里山林鐵已由台鐵森鐵處經營，平交道遮斷器工程卻由嘉義林管處發包的原因。」
林務局並強調，所有枕木、道碴、路基維護的經費，均屬每年預算基本經常性支出，絕無欠缺經費情事。
枕木更換遭拒絕？ 林務局澄清：要先經文資審議會審核
對於媒體報導，嘉義林管處反對將阿里山鐵路全線枕木全面抽換成水泥枕，林務局澄清，是因阿里山森林鐵路屬於《文資法》指定的文化景觀，重大工程都必須由文資審議委員會審核。不過日前該委員會也已同意，奮起湖以下路段，除了車站站區外，都可以抽換為水泥枕，彎道則維持木枕。
世界級林業資產、一般交通支線 2局定位大不同
對森鐵營運方向和台鐵出現歧見，林務局坦承，原因是來自雙方對於森鐵價值的定位不同。嘉義林管處基於森林鐵路屬於世界級珍貴林業文化，希望盡可能維持原有風貌，但是台鐵則偏向將森林鐵路視為一般交通支線，希望盡可能在車廂、鐵路和場站都全面換新，這是「雙方價值觀之差異，無涉專業能力，更與安全無關。」
森鐵業務將回歸 林務局擔保：人員待遇不會降低
行政院已在日前核定，阿里山森林鐵路將回歸林務局營運。而森鐵相關人事問題，農委會表示，因為台鐵屬事業機構，林務局屬公務機關，兩者薪資結構福利制度不同，為使台鐵森鐵處人員移撥後，其薪酬待遇不致降低，已參照「阿里山森林鐵路管理處人員管理要點」，特別提高薪點約僱人員制度，保障移撥人員的薪資待遇。
林務局也說，雖然森鐵處基層人員現在屬於臨時人員，但之後將受到和公務人員相同的工作權保障。林務局已在嘉義林管處召開2場4梯次說明會，向員工保證相關權益不會受損，對少數仍有疑慮的員工，他們也會持續溝通。
