阿里山森林鐵路經營權經多次轉手，林務局表示，阿里山森林鐵路入不敷出是事實，目前林務局已和台鐵持續協調中，今年3月會完成具體計畫，報行政院核定後，希望年底完成轉移。
由農委會林務局管轄的阿里山森林鐵路，因2010年4月發生斷樹砸中列車釀5死的意外事故，行政院將森鐵委託台鐵經營，2013年5月林務局與台鐵簽訂行政契約，原本2015年12月31日要將森鐵轉移給台鐵，但2015年9月杜鵑颱風來襲，42號隧道崩坍，待修復，導致轉移延至去年底，但至今隧道仍未通車，導致轉移時程遙遙無期。
對媒體報導阿里山森林鐵路因「林務發展及造林基金」將用罄，恐面臨結束營業命運。對此，楊宏志澄清經費沒有不足，並表示今年「林務發展及造林基金」編列預算有67億元，但該筆經費也同時用在全國造林及森林遊樂區維護。
根據媒體報導，阿里山森林鐵路因維護成本高，導致入不敷出，雙方都無意接手森鐵。對此，林務局副局長楊宏志表示，阿里山森林鐵路是台灣資產，林務局當然不願放棄，但是本來林務局經營時，一年收入1億，虧損3億，台鐵接手後，維護成本大幅提高，變成一年收入1.2億，但虧損4、5億元。
不僅在資金上短缺，鐵路養護成本高也是重要原因。台鐵表示，光是常發生的邊坡土石滑落，修復金額就要上百萬元以上，雖然在去年5月票價已調漲，是20年來首見，但卻仍然無法解脫虧本的命運，每年都是「賺1億、虧4億」，客乘量每年也從194萬掉到160萬人次。
