也有人提出「人體試驗」的概念，中國農科院副院長吳孔明表示，用動物學的實驗來推測人體，是國際科學界的通行做法。而不做人體試驗是因為人的食物多種多樣，很難排除其他食物成分的干擾。尤其人體試驗也不符合倫理原則。
對於轉基因作物可能為人體帶來的危害眾說紛紜，吳孔明坦言這個問題很難回答，「正如坐飛機，這次沒掉下來，也沒法保證永遠不掉下來」。
2. 轉基因作物會導致害蟲滅絕？
抗蟲轉基因作物能高效的殺死害蟲，如「華恢1號」。但有質疑認為大量種植抗蟲轉基因作物，是否可能導致害蟲滅絕？害蟲也是生物鏈中重要的一環，如果滅絕同樣可能引起生態災難。吳孔明表示，轉基因的生態影響非常複雜，科研界一直在重視這一問題，在推廣前一定要做好相應的風險管理。
3. 鼓吹轉基因是受到利益集團操控？
有人認為，科學家鼓吹轉基因的優勢、推動轉基因產業化，是因為受到了利益集團的控制，比如為了科研經費或企業利潤。
對此爭議，寇建平解釋，轉基因作物的研發、評審、審批三個階段：轉基因的安全性研究工作是由國家財政資金資助；評審階段由政府組織協力廠商權威機構和科學家團體進行評估；安全證書、品種審定證書的審批權也掌握在政府相關部門手中。因此不存在受利益集團控制的情況。
4. 轉基因農業在市場、監管方面規則混亂？
中國的轉基因政策可以用幾句話概括：不允許種植但允許進口；允許進口原料，但不允許進口主糧；在科研上投入重金，但不放開商業應用。陸媒評論這些作法自相矛盾，反映出政府對轉基因技術的糾結心態。
中國進口了大量轉基因糧食。僅2013年，就進口轉基因大豆6300多萬噸，轉基因玉米500多萬噸。除了木瓜和棉花，中國目前沒有批准其他轉基因農作物種植。但近年來，卻多次從中國出口的大米中檢測出轉基因成分，非政府組織和媒體也先後在中國市場上買到了含有轉基因成分的大米。這些案例顯示了監管失控的風險，而監管失控又是現行轉基因政策的必然後果。
此外，陸媒也批評政府對轉基因技術的監管缺乏協調和必要的法律依據，看上去嚴格的規定得不到嚴格執行。最終，實驗、制種、種植、銷售和食用等環節可能全面失控。
5. 轉基因作物有「濫種」問題？
寇建平表示，轉基因作物沒有獲得安全證書和品種審定證書，是不允許進行商業化種植的。沒有轉基因種子就不可能進行大規模種植。因此他認為，總體來講，中國不存在轉基因作物「濫種」的問題。
然而陸媒報導，在7月央視播出的《追查轉基因大米》中，記者在武漢的超市隨機購買了5種大米，其中3種都查出了Bt轉基因成分。但目前中國的Bt轉基因水稻並未獲得商業化種植許可證書。
儘管轉基因技術的爭議聲不斷，中國高層對轉基因技術的支援態度正逐漸明晰。國務院發展研究中心農村經濟研究部部長葉興慶表示，中國政府把轉基因視為一項先進的全球技術，雖然公眾有反對擴大人食用轉基因食品範圍的聲音，但中國會繼續對轉基因技術進行研究。
