社會各界對蔡政府「黑箱」防疫的質疑之處主要有︰「3+11」會議紀錄為何神隱？民進黨范雲等62位立委為何在6月18日強行擋下中國國民黨、台灣民眾黨、時代力量等在野黨要求公布「3+11」會議紀錄、國產高端疫苗的緊急使用授權（EUA）全程直播公開等多項提案？行政院「3+11」決策調查小組屆時公布的調查報告能昭公信？
美麗島電子報董事長吳子嘉2月22日指控，衛福部長陳時中去年派人與德國BNT開視訊會議，欲繞過大中華區總代理上海復星醫藥取得疫苗，黨政高層「吳委員」疑似介入上海復星的代理商港商雅各臣以每劑45美元、採購1000萬劑疫苗，有人意圖暗槓每劑15美元的價差遭拒，疫苗採購才破局？
高端、聯亞等國產疫苗是否涉及內線交易、炒股？為何非要動用預算高價採購1000萬劑僅通過二期解盲的國產高端等疫苗？國產高端疫苗（公司代號6547）擬採「免疫橋接」（Immune bridging study）取代「三期臨床試驗」能獲得世界衛生組織（WHO）的認證？食品藥物管理署審查委員遭爆換成多數支持免疫橋接，是為了護航國產疫苗？若未經嚴格科學驗證，日後即將國產疫苗外銷至開發中國家，施打衍生的醫療糾紛，以及造成台灣聲譽的可能受損，有何妥善的規劃？
若能在5月23日就接受鴻海創辦人郭台銘、佛光山等企業與民間團體捐贈疫苗，而非拖到6月18日才政策大轉彎，也不再消極面對慈濟及各工商團體的捐贈，會讓疫情失控這步田地？
中華民國免疫學會（The Chinese Society of Immunology）6月21日公告「中華民國免疫學會對於COVID-19疫苗議題的建言」指出「政府為疫苗與藥物審查單位，需要超然立場。政府相關人員不應該對疫苗研究與效果做非正式的發言，違反行政中立」、「科學是解決疫情唯一的方式，在這人心最不安的時候，更需要拋開個人的意見與立場，以數據與科學作為依據，做出正確的決定」難道不是打臉總統蔡英文、前副總統陳建仁？
面對Beta、Gamma、Delta等多種高衝擊變異株，且連屏東枋山白牌車司機的母親注射過一劑AZ疫苗都還無法抵禦印度Delta變異株而染疫；況高端疫苗至今仍用桃醫原始病毒做抗體對照組比對，病毒專家都對其效用深感疑慮，政府卻置若罔聞，僅以少數公衛學者的意見，就貿然重押高端、聯亞來對抗已入侵台灣的Delta病毒，豈不怪哉？一路搖擺、前後立場矛盾的防疫政策難道不是造成（截至6月27日）累計632人死亡、14634人確診的病灶所在？
