民進黨立委薛凌及吳秉叡24日於立院財委會主導召開有關兩稅合一股利扣抵率減半案的公聽會，遭媒體報導「綠營要翻盤富人股利加稅案」，民進黨主席蔡英文因此動怒，要求釐清誤會。吳秉叡25日上午親自召開記者會說明，他表示自己全力支持財政健全方案，他僅是反對溯及既往，提案訂日出條款，讓企業要2018年前分配「1998至2013年」的保留盈餘時，仍可適用舊制，這樣才能避免已被課稅的保留盈餘未來要分配股利時，破壞信賴保護原則，他也反批財政部及國民黨團扭曲事實。
財政部「財政健全方案」5月於立院三讀修正通過，明年起兩稅合一股利扣抵率將由全數扣抵改為減半扣抵，但民進黨立委吳秉叡於本會期提案再修正《所得稅法》第66條之6，主張新制不應溯及既往，以免過去10多年企業為了保留盈餘而課增了10%營利所得稅，未來股東卻只能扣抵一半的個人所得。
財政委員會召委薛凌昨（24）日召開公聽會，邀財政部及學者提供意見，《聯合報》則在一早大幅報導「立委展開肆無忌憚的政策反撲」，指財政健全方案將面臨翻盤壓力，薛凌及吳秉叡2人欲主導「股利扣抵率減半」案延至2019年實施。並引用財政部長張盛和及國民黨黨鞭費鴻泰說法，張表示沒有溯及既往問題，費批評綠委為有錢股東護航。
此議題24日於媒體發酵後，下午民進黨主席蔡英文於中執會不悅表示「對黨的傷害已造成」，要薛凌澄清外界的誤解。
提案修法的立委吳秉叡25日上午召開記者會親上火線說明，吳秉叡先表示，24日財委會的公聽會是他再三拜託召委薛凌舉辦的，薛凌考量黨內同志情誼及有討論的必要而召開，對於薛凌這2天被責難，他感到很抱歉。
吳秉叡嚴肅表示他「支持財政健全方案，反對溯及既往」，今年3月財政部提案後，不分朝野黨派都無人反對，他與民進黨團全都支持，因此5月就在立院順利三讀通過。但他在暑期接獲陳情，發現在有爭議，所以在10月提出《所得稅法》第66條之6的修正草案。
原《所得稅法》規定，企業盈餘課徵營利事業所得稅17%後，保留盈餘若不分配，可再繳10%營利所得稅，未來再分配股東時，由於已先課過稅，股東最多可抵免相加起來27%的個人所得稅。而5月三讀通過的財政健全方案，則調整股東股利可扣抵稅額為原來的50%，即兩稅合一股利扣抵率減半制。
吳秉叡表示，此方案產生的問題是，1998至2013年的保留盈餘已先被扣課徵共27%的稅，但財政健全方案上路後，若未來企業要分配過去十多年來已被課稅的保留盈餘給股東時，扣抵稅額卻只能依新規定減為原本的一半。「我贊成新方案向『後』適用，可是如果溯及既往，就把人家預先繳納稅款可扣抵的權利給剝奪了，有違信賴保護原則和租稅法定主義。」
吳秉叡強調，他完全支持財政健全方案，但是反對溯及既往，因此他的提案訂出了日出條款，若企業要2018年前分配「1998至2013年」的保留盈餘時，仍可適用舊制。吳秉叡說，他的提案還更鼓勵還保留盈餘的企業儘早分配股利，同時適用所有股東，而非某些報導所稱少數富人。
吳秉叡再表示，他看到財政部說他們要破壞財政健全方案，在公聽會前預先扭曲立委提案、扭曲立委開公聽會的用意，他完全無法理解。他也強調自己24日較晚才從聯合報看到報導，但他已在公聽會解釋澄清。
吳秉叡最後話鋒一轉，反批財政部及國民黨態度有問題，他指出去年財政委員會初審通過有關追繳海外紙上公司避稅的健全方案，事後國民黨團拉下協商之後，已被冷凍1年多，如果財政部真如此在意稅金問題，應邏輯一貫，不該放過包括頂新在內的企業，這10年躲掉的3千億稅金。
