柯、楊兩人因為對台灣時政經常發表看法，結果在二二八事變爆發後，國民黨中央黨部拍電報給柯台山，電報稱台灣行政長官公署對柯台山與楊肇嘉極不諒解，希望他們多注意行動。柯台山向吳鐵城建議，一定要換陳儀。吳鐵城說，若依蔣中正與陳儀的交情，這是不可能的，由中央發函譴責好了。楊肇嘉說，發十張也無效。吳鐵城的話，顯示蔣中正被自己的情感所蒙蔽，不能看清台灣的複雜情況。
台灣在戰後，情況十分複雜，日軍撤出台灣，但部分有專門技術的日人與官員，被國府要求留下來協助日常運作，可是美方對這件事情有意見，美國主張所有日人應在一定時間內撤回日本，也就是在這種國府未及接收，日人必須回到日本，造成台灣政府機構運作與許多設施運作停擺。台人因為過去是日本國身分，戰後又轉換為中國人身分，但在戰後混亂時期，也很難要求平等待遇，在大陸許多協助日軍作戰的台人，後來雖然行動自由，但是身無分文，生活無著，有幾萬人在大陸等待回到台灣，日軍徵用派往海南島的台人也大量運回台灣。台灣雖一時穩定，但社會不安定情緒卻逐漸累積。
美國國務院的公開檔案當中，1947年1月10日駐台北領事館給駐美大使司徒雷登的電報，提到前一年在東京發生日警槍殺旅日台人的涉谷事件引發的台人反美示威（不滿占領日本的美軍未公平處理此事），台灣民間也流傳許多謠言，包括美蘇開戰，名古屋與基隆都遭到轟炸，30萬美軍來台，美軍在台建工廠造B-29轟炸機，這些謠言居然讓許多曾在菲律賓為美國工作過的台人，都跑去美國領事館找工作，還有未具名的有權勢的日人在基隆上船遣返日本時，發下狂語說，20年後還要再回來。台人也流傳美國對國府治台感到失望，支持日本把台灣拿回來。還有蔣中正見過麥克阿瑟，準備把台灣賣給美國，用來推動對抗共軍的作戰。
這些謠言都顯示二二八事件發生前，台灣社會因為國際局勢動盪不安，以及大陸國共內戰的關係而呈現混亂局面。楊肇嘉曾在台灣日據時期參與爭取民主運動，受日方壓力，輾轉前往上海經商，根據柯台山轉述楊肇嘉的說法，陳儀到台灣任職之前，先拜會楊肇嘉，楊肇嘉曾問陳儀，台灣光復後，台民不是一率平等嗎？為何仍設長官公署，長官公署與總督府有何分別？陳儀聽了後，臉色驟變，隨即離開，陳儀的反應，讓楊肇嘉對台灣的光復熱望破滅。
楊肇嘉曾在1946年9月25日被捕入獄，在上海提籃橋監獄關了37天釋放，楊肇嘉被當成日本戰犯審訊，後來查無實據釋放。楊肇嘉被捕是因台灣長官公署指控他侵占上海美商財產，供給日軍牛奶。但是楊肇嘉才在7月18日，到南京請願，表達台人對陳儀在台治理的不滿，兩個月後，楊肇嘉就因為台灣長官公署的指控而被捕，也難免給人聯想長官公署假公濟私報私仇。當時柯台山為了辦理護照赴美，申請前往南京，陳儀也對柯台山說，「我以為你要到中央進我的讒言。」
