1972年4月16日，楊恩擔任阿波羅16號（Apollo 16）指揮官，執行了人類歷史上第五次成功登月的任務，楊恩終於成為踏上月球的第9人。他還和同行太空人杜克（Charlie Duke）在月球上蒐集了超過90公斤的岩石樣本。
有趣的是，楊恩後來還曾擔任阿波羅17號的替補指揮官，當時主力指揮官塞爾南在任務前受傷，楊恩差一點獲得「第二次登月」的機會，不過塞爾南最終還是成功執行了阿波羅17號任務。
阿波羅計劃結束後，楊恩仍然繼續擔任太空人，還執行人類史上前幾次的太空梭任務，包括哥倫比亞號（Columbia）環繞地球37次的處女航STS-1，也是美國唯一一次在新系統第一次發射就進行載人實驗的任務；1983年擔任首次使用太空實驗室的STS-9任務指揮官，也是個人最後一次太空飛行任務。
勇於批評遭調職 最敢言、最在乎安全的太空人
在NASA眼裡，楊恩堪稱傳奇人物，曾與他共事的人員表示，楊恩出了名的冷靜、說話簡潔，但是又相當執著於安全檢查，有時都快把工作人員逼瘋了。「他對太空計畫而言是很重要的成員，」阿波羅13號指揮官洛維爾（Jim Lovell）在楊恩2004年退休時談道：「他會一直問大家，我們在做什麼？為什麼要這樣做？」
而當美國在太空項目上擊敗蘇聯後，依舊充滿熱情的楊恩仍持續希望美國再次登月、甚至登陸火星，希望尋找人類地球之外的生存地，可惜因為資金減少挹注並未成功。
楊恩在NASA中一向不惜進言批判，1986年挑戰者號太空梭災難造成7名太空人殉職，楊恩早在事故前3個星期，就親筆寫了兩張便箋警告安全危機，批評NASA因為任務壓力而置太空人的性命安危於不顧。但他因此遭到調職，於1987年轉任太空工程與安全顧問，直到2004年才正式退休。
楊恩在其2012年自傳《永遠年輕》（Forever Young）透露，他認為那一場調職是NASA給他的懲罰，但他從未後悔過一切，「技術上的事實一定要讓大家知道，我的個性就是如此，我會不顧一切後果說出來，認識我的人都必須忍受這些。」楊恩寫道。
楊恩在自傳也談到2003年哥倫比亞太空梭失事災難，該事故害死7名太空人，他也曾在事故前警告NASA不夠謹慎的作為：「我用備忘錄給大家一個當頭棒喝，說出事實（安全問題），說出『萬一如此』，說出可能的意外與應變措施，說出他們荒謬的官僚決策有多麼無蠢和危險。」
楊恩也表示，這麼多年來，他經常夢見多次太空災難中逝去的夥伴，尤其是1967年阿波羅1號火災事故，曾和他一起執行雙子星3號任務的摯友葛利森（Virgil Ivan "Gus" Grissom）在該場事故中喪生。「50年過去了，但只要想到那場火災，我還是常常食不下嚥。」
但是，楊恩一直到逝世為止，對宇宙探索的雄心從未減少，一再敦促NASA繼續拓展太空任務，他告訴媒體：「我們如果可以在太陽系其他地方生存，就代表掌握了延續人類的科學與技術，我在意的是全人類。真討厭，我錯過了那麼多的有趣機會。」
楊恩與他的第二任妻子育有一子一女，還有許多孫子與曾孫。楊恩過世後，曾登陸月球的太空人中，還在世的剩下5位。
