台灣的疫情，於2021年4月，由桃園機場防疫旅館諾富特所引爆，防疫旅館便宜行事，造成台灣公衛危機，到八月份，本土確診病例累計破一萬五千案例、死亡案例累計超過八百，疫情嚴峻。
疫情的破口，多認為是4月份3+11（3天居家檢疫加11天自主健康管理）的隔離政策所造成，機師的散漫作風，在後段的「自主健康管理」期間違規外出而出現症狀；緊接者，五股獅子會的「獅子王」疑為萬華茶藝館的感染源，「人跟人的連結」導致萬華地區的百餘確診；5月19日，全國疫情提升至第三級警戒；5月23日，萬華茶室坐陪小姐流竄到草屯鎮的「時尚會館」，多名尋芳客中鏢確診；傳統市場的摩肩接踵，成為疫情的溫床，5月26日，木新市場的「水泄不通」，造成台北市文山區的79確診；6月份，苗栗的京元電子及超豐電子多名移工，因生活環境擁擠而群聚感染；確診案例遍地開花，幾乎達到不可收拾的地步。
疫苗是新冠病毒最有效的防線，台灣曾有取得疫苗的機會。先是2020年10月，前閣揆林全的東洋公司，宣布取得德國BNT新冠疫苗「有條件授權書」，惟因與政府在疫苗數量與價格無法取得共識，不能代理疫苗進口；再次是2021年5月13日，立委陳玉珍提出「地方自行採購疫苗」的建議，陳時中以疫苗採購「由指揮中心負責」，該案遂無疾而終；2020年8月，AZ疫苗團隊希望台灣能代工3億劑，但陳時中說「有人不太喜歡這樣子」，台灣僅希望代工1億劑，結果破局。
六月初，連續五天破百的案例，人心惶惶，政府手上不到250萬劑疫苗，遠低於需求量，民間要求疫苗呼聲不斷，前新聞局長鍾琴發起「小英給我疫苗，快閃總統府」活動，6月3日，在總統府周邊一起按喇叭十秒，表達希望讓全民盡快施打疫苗的訴求。政府迫於輿論壓力，6月18日，同意鴻海、台積電各捐贈500萬劑BNT疫苗；7月21日，慈濟基金宣佈，捐贈500萬劑BNT疫苗。
鴻海申請緊急授權需時55天（註1），雖較高端申請時間為長（註2），但總算功德圓滿，至於報效無門的團體，政府則以各種說詞婉拒。五月底，佛光山欲捐贈50萬劑嬌生疫苗，政府先是「已讀不回」，後囿於藥廠只跟政府洽談，佛光山鎩羽而歸；孫文學校張亞中擬捐贈一千萬劑疫苗，衛福部6月21日回函稱「有關中國大陸生產之生物藥品，依經濟部國貿局公告之輸入規定，係列為不准輸入之物品」；7月14日，國民黨聯合花蓮等執政4縣市欲購買5百萬劑BNT疫苗，陳時中以「目前疫苗足夠」回覆；7月26日，呂秀蓮表示願牽線協助洽購千萬劑嬌生或輝瑞疫苗，未獲回應，後來陳時中表示「一忙就遺漏了」。
