2020東京奧運已在8月8日落幕，運動員與觀眾的激情時刻都歸於平淡。不過日本的疫情曲線並未因此壓平，反倒以直線上升到8月20日的2萬5156人。除了東京5534人的新增確診數攀上歷來第二高，埼玉、大阪、廣島、鹿兒島、沖繩等22個府縣更刷新最高紀錄。共同社指出，日相菅義偉的「依賴疫苗」策略顯然敗給了「第五波疫情」，即便半數國民已經完成首劑疫苗接種，依舊無法阻止疫情擴散。
日本18日才創下將近2.4萬人的確診史上新高，19日又傳出25156人確診，連續兩天打破紀錄。Delta變種病毒株在全國快速流竄之下，包括千葉（1410）、愛知（1221）、神奈川（2340）、埼玉（2170）、大阪（2443）、兵庫（1078）、福岡（1134）的單日確診數都突破千人大關，22個府縣更刷新最高紀錄。除了確診人數激增，重症患者更連續7天寫下新高，來到1765人；死亡人數則是28人，其中包括千葉5人、東京與神奈川各有4人。
根據國立感染症研究所推算，在8月中旬之後，在日本流行的新冠病毒超過9成已是Delta變種病毒株。日本的單日新增確診數7月29日才首次超過1萬，8月13日便突破2萬，8月19日突破2萬5千人，疫情惡化速度相當驚人。共同社指出，日本接種疫苗的速度從7月開始放緩，中央政府的疫苗供應跟不上地方快速成長的需求。加上Delta病毒株快速蔓延，即便菅義偉17日堅稱「疫苗接種的進度遠高於設定目標」，也不得不承認「傳染性極強的變種毒株在全球帶來超乎預期的疫情擴大」。
共同社指出，日本已經完成第1劑新冠疫苗接種者約有50%，在全球排名第60位左右。但日本接種疫苗的進度在七國集團（G7）中仍是名列末座。除了跟排行第一的加拿大（73%）相去甚遠，跟第6位的美國（約60%）也有一段差距。政府內部原本對疫苗壓制疫情的評估非常樂觀，認為「很快就能讓疫情度過高峰」，沒想到確診人數與重症病患卻是快速增加。
日本對於輝瑞疫苗的供應從7月份開始明顯減少，菅義偉雖表示目前仍維持「每天150萬劑的接種」，但地方政府對於中央減量供應，造成接種進度落後抱怨不斷。共同社指出，即使接種工作能夠按照計劃在今年11月完成，目前也沒有疫苗能夠控制Delta疫情的證據。日本正在討論是否該比照以色列（已正式啟動）與美國（預計9月下旬啟動），進行第三劑接種做為加強針。行政改革擔當大臣河野太郎17日表示，為了明年可能開打的第3劑預做準備，已與輝瑞、莫德納達成協議。
除了加速接種疫苗、預先採購明年的第三劑之外，菅義偉政府17日也宣布從20日起擴大實施緊急事態宣言，納入茨城縣、櫪木縣、群馬縣、靜岡縣、京都府、兵庫縣與福岡縣7地，共計13都府縣（包括原有的東京都、埼玉縣、千葉縣、神奈川縣、大阪府與沖繩縣）的緊急事態也將延長到9月12日為止。「防止蔓延等重點措施」的區域也從20日起追加宮城縣、山梨縣、富山縣、岐阜縣、三重縣、岡山縣、廣島縣、香川縣、愛媛縣與鹿兒島縣10地，包括原有的北海道、福島縣、石川縣、愛知縣、滋賀縣與熊本縣等6地，同樣也是實施至9月12日。
雖然本屆東京奧運堪稱成功，但奧運落幕後由《讀賣新聞》所做的民調顯示，6成6受訪者不希望首相菅義偉在9月30日的自民黨總裁任期屆滿後續任，其中1成8甚至「希望首相馬上換人」，僅3%受訪者認為菅義偉應該繼續擔任下屆首相。根據《朝日新聞》在東奧8閉幕當晚公布的民調，菅義偉內閣支持率首度跌破3成，以28%的淒慘表現創下2020年9月上任以來的新低，不支持率也上升到53%。時事通信社則指出，菅義偉內閣8月支持率僅有29.0%，已經進入3成以下的「執政危險水域」，自民黨恐怕會出現「倒菅」聲浪。
