此外，許多分析指出，雖然該法修訂是在美軍穿越台灣海峽後立即發佈，但最關鍵的內容仍然涉及有關南海問題。亦即，該法中宣稱的有關中國「領海」範圍，在南海區域，一向與周遭國家譬如越南及菲律賓等沒有共識。
根據《聯合國海洋法公約》（UNCLOS），「領海」是沿岸國基線起算12海里的海域。根據該公約，原則上包括軍艦在內的外國船隻都可在沿岸國領海「無害通過」（Innocent passage）。
但是，中國與南海周遭各國，對於南海的領海主權劃分至今仍爭論不斷。日後，各國如何在中方新法下，回應經過北京定義的「領海」時，成為各界焦點。
台灣國防部智庫「國防安全研究院」蘇紫雲博士對BBC分析稱，一般而言，主權國家於領海範圍內有權實施管轄，以保護自己權益。這是國際海洋法、習慣法所承認的。但《海上交通安全法》新規稱的「管轄海域」是北京擴大法律適用範圍，將中國內水、領海、毗連區、專屬經濟區、以及中華人民共和國管轄的「其他海域」包含在內，定義比「沿海水域」更寬。
蘇紫雲因此判斷，此法修訂實施後，中國可能在於主權爭議的水域，特別是南海人工島、釣魚島（台灣稱釣魚台，日本稱尖閣諸島）列島等爭議海域，會遇到法律是否適用的問題：「可以想見的風險，在南海水域的人工島周邊被北京視為領海，但外國軍艦若進入，無論是主張領海無效、或是『無害通過』，都將挑戰北京的片面宣示。」
不過，蘇紫雲也強調，《海上交通安全法》也需放在北京「系統性」的戰略上來看。他告訴BBC，北京向來具有系統性的戰略準備與耐心，例如東海防空識別區的宣告，可說是由2000年凖備殲-10戰機的生產；他又說，2010年水門機場的完成，確保有一定能力的保障後才實行。
蘇紫雲補充說：「此次《海上交通安全》的施行，也是系統性作法，包括早前《海警法》的實施都是法律準備，當然包括海軍艦船的建造，以及海警單位改隸武警體系並由中央軍委直接指揮。」
美國軍艦第八次通過台灣海峽
據美國海軍第七艦隊官網的聲明，美國伯克級飛彈驅逐艦「紀德」號（USS Kidd）和海岸防衛隊巡邏艦「穆洛」號（Munro）在8月27日通過台灣海峽，並稱依據國際法例行航經國際水域。聲明說：「軍艦合法通過台灣海峽，展現美國對自由開放印太地區之承諾。美軍在國際法允許的任何地方飛行、航行和執行任務。」
8月28日，中國國防部新聞發言人譚克非發表談話，回應美國，他抨擊美海軍軍艦通過台灣海峽是「公開炒作」。他並表示解放軍對美艦行動「全程跟監警戒」，而美國「頻頻實施類似挑釁行徑，性質十分惡劣，充分說明美國是台海和平穩定最大破壞者、台海安全風險最大製造者。」
