從1月9日屏東縣大武山一處蛋雞場爆發H5N2亞型高病原禽流感，其後在屏東、高雄、台南、嘉義、雲林、彰化、桃園等縣市，超過兩百個雞、鴨、鵝場爆發禽流感病毒，預估撲殺數量將達100萬隻以上，創台灣史上撲殺數最高紀錄。
更複雜的是，到目前為止這波禽流感病毒已驗出4種高病原型病毒，包括台灣原本就存在的舊型H5N2禽流感病毒，屏東縣大武山蛋雞場、台南一處肉雞場都屬於這型；其他三型高病原型都是台灣首度發現，包括新型H5N2亞型病毒、H5N8亞型病毒、H5N3亞型病毒。
這波禽流感從何而來？官方定調為候鳥帶來的，但民間卻有質疑聲音。
此時正是台灣候鳥過境的高峰期，蔡向榮認為，這波疫情來自候鳥的可能性最大。他提出的證據是，H5N8這株病毒本身就是從候鳥身上分離出來的，韓國、加拿大、美國、日本都曾有三種候鳥分離過這株病毒。另外H5N2、H5N3這兩株病毒的比對也幾乎都來自候鳥。
中興大學獸醫學系名譽教授謝快樂支持蔡向榮說法，他表示，這次爆發疫情的水禽場都位於沿海地區，2014年11月，韓國也才剛爆發禽流感，台灣從12月起就陸續有水禽發現疫情。西海岸的水禽都是露天飼養，可能有某一批候鳥過境台灣， 看到水禽場有水、飼料，多少會經過。而他推測，這批候鳥糞便裡的病毒量很大，才會同時在這麼多縣市的水禽場爆發禽流感。
台大公衛學院流行病學與預防醫學研究所教授金傳春，公布一份2012年到2013年與香港教授的研究報告。報告指出，在台灣北部一家屠宰場採集雞鴨糞便、血液監測病毒與血清時，八百多個雞血樣本中，8成驗出H9N2抗體陽性，而台灣官方從未公布台灣有H9N2病毒，研判台灣雞可能有用禽流感疫苗。她要求農委會應盡快公布禽流感病毒八段基因、以及血清監測資料，供國際學者檢視。
陳保基坦言，2003年台灣爆發H5N2低病原性禽流感病毒時，因撲殺力道不足，病毒沒有清除乾淨，導致H5N2病毒已在地化且變異成高病原型。
由此可證，這次疫情是否一部分可能是本土病毒變異，而非單純候鳥導致？目前官方說法與民間推論莫衷一是。
禽流感疫情爆發，對民眾飲食安全影響有多大？陳保基表示，為避免移動感染，農委會禁止水禽屠宰兩天。1月13日也決定，為爭取處理時效，只要養禽場死亡率高達兩成以上，且送來的檢體經確認感染H5亞型病毒就撲殺。
屏東縣環保局長魯台營表示，第一個發現的屏東縣大武山蛋雞場，要撲殺的蛋雞高達12萬隻，處理是一大考驗。所幸在動員人力支援後，已順利完成，而且為了保險起見，連同沒有感染病毒的養禽場也一併消毒。他提到，農戶這次損失慘重，農委會應重視農戶的損失。
台灣一再發生禽流感病毒，已是公共衛生的重大議題。台大農藝學系教授郭華仁認為，台灣的禽畜飼養走入大型化，高密度圈養造成動物身心不健康，因此投藥頻繁，消費者吃到的是生病、含多量抗生素的動物體。
朱增宏提醒，畜牧政策不能只看經濟面，還要考量食品安全與防疫成本。他建議，農委會應該建立總量觀念，鼓勵業者少養一點，民眾也吃少一點，反而更健康。而這，就是最好的防疫之道。
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