針對媒體報導，指「馬習會」有機密檔案未移交，總統府13日中午發出聲明表示，國家安全會議在2016年5月20日進行政權交接後，獲移交有關「馬習會」專案檔案，記述期間，自前陸委會夏立言主委揭露2015年10月14日「夏張會」起至「馬習會」會談結束。
聲明也強調，由於當年本專案之執行為前屆政府執政期間，上述期間及前後，是否有其他文件、紀錄應依檔案法等規定列入檔案並移交，應由前屆政府主責者與相關人員澄清說明。
聲明也說，獲移交檔案主要內容，涵括有本專案大事節略、辦理期間行政協調記錄、「馬習會」當天會議記錄以及相關國內外輿情簡報等四個部分檔案。
