一連串初選及提名紛擾，多少已動搖吳敦義的領導威信，接下來深水區縣市的提名布局，黨內許多人也對吳喪失信心。一位輔選經驗豐富的藍營人士就說，過去吳在秘書長任內，面對選舉提名爭端，出手排解多能無往不利，是因為當時國民黨仍有國會優勢及多數縣市執政權，加上有龐大黨產資源當後盾，如今國民黨已一無所有，吳本身的民間聲望也不高，任憑他協調折衝本事再強，但「巧婦難為無米之炊」。
不過黨中央雖承認初選有一些意料之外的狀況，但仍堅稱這與吳敦義是否介入並無關係，有黨務要角強調：「黨主席如在初選階段就介入，甚至選邊站，才會使爭議更加難解。」他解釋，國民黨選情領先的縣市，地方勢力爭搶提名是很正常的狀況，看看民進黨的初選廝殺，就比藍營更加刀刀見骨，「外界要國民黨一團和氣完成提名，是很不實際的苛求。」
這位要角說，真正關鍵還是提名機制的公平公正，只要藍營支持者能接受初選結果，即使有人不滿未獲提名，脫黨也就沒有正當性，黨主席在參選人協調及初選過程保持中立，反而才有高度在初選結束後出面整合，不管是目前停擺的澎湖縣或未來的雙北市、新竹縣，吳敦義都會適時採取行動，絕非如外界所形容是個「不沾鍋」。
黨中央：吳會適時「沾鍋」
據瞭解，為紓緩有澎湖王之稱的前立委、無黨團結聯盟主席林炳坤的不滿情緒，吳敦義已透過與林交好的共同友人協調，試圖為徵召賴峰偉解套。親吳人士說：「賴民調有優勢，國民黨沒別的選擇，但地方有意見也是真的，事緩則圓，慢慢溝通應能達成共識。」
至於連吳都捲入紛爭的嘉義市要如何善後？有黨務高層透露，黃敏惠民調遙遙領先現任市長涂醒哲及蕭淑麗，加上蕭與蕭家班並沒有親屬關係，地方早就盛傳，蕭家班這回可能不再支持她連任議長，提供資源支持蕭選市長的機率更低，即使她脫黨選到底，對藍營傷害也不如想像中大，黃敏惠仍有勝選可能。
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