朱敬一在書中提及國科會任內最讓他頭痛的二林園區案。他上任第一件事，就是要做二林園區轉型，但他面對的是強烈抗爭，甚至有人包十輛遊覧車北上，由執政黨彰化立委帶頭包圍國科會。當時，行政院秘書長是林益世，不但沒有幫他疏通彰化立委，甚至還給他穿了小鞋。當時，幕僚建議他申請隨扈，負責協調的副主委賀陳弘到彰化，一直有武裝警察荷槍緊貼站在一尺旁，那是歷史性照片。這樣的壓力，這樣的「秘書長不挺、行政院長不愛、執政黨立委必欲除之而後快」的情況，要到林益世涉貪下台，才有所改變。
（朱敬一才就任國科會主委三個月，就面對抗爭團體要他下台，協調二林園區過程中，沒得府院黨的奧援。教育廣播電台）
最後在朱敬一親自拜訪環保署長四次之後，二林園區的轉型案終於通過，但是他也注定得罪彰化的執政黨立委。此外，在轉型環評通過之後，彰化縣長卓伯源也想來搭便車，要把八字還沒一撇的另一個園區的汚水排放，到二林排放管路去「搭排」，朱敬一予以拒絕，為此又得向府院高層解釋再三。
諸事底定後，他對幾位朋友說，在二林園區轉型過程中，他得罪了院長、立委、秘書長、縣長，甚至是總統。不過那沒有關係，因這些人和政府首長頂多只有「職務上的拘束」，而不是康德哲學道德上的拘束。他認為，政府首長真正的老闆，不是行政院長或總統，而是台灣的土地人民。
〈談稅改當「芒刺」 卅年始終如一〉
新書中，朱敬一1/3的篇幅在批判十餘年來政府胡亂降稅之不當。他認為，廿多年來台灣降稅已經降得不像話，租稅負擔率12.6%全球第五低，只比阿拉伯產油國高。為什麼政府老要降稅呢？部分原因是政客討好民眾，也有部分原因是企業拼壓低成本競爭不過中國大陸與越南，便要求政府以降租稅的方法幫他們再降成本。為什麼企業拼壓低成本拼不過中、越等國呢？那沒辦法，人家土地勞工就是便宜，就如同四十年前的台灣。那台灣現在該怎麼辦呢？這就回到此書的主題：產業要轉型。如果不思產業轉型之正路，還在降稅減稅的舊思惟裡打轉，那注定要失敗的。
（當年，賦改會學者砲輔賦改會的歷史紀錄／工商時報剪報／取自安信國際資產管理顧問公司網站）
朱敬一1985年返台任教，迄今已近卅年。他返台不久就碰上財政部長開徴證所稅，雖然他當時與許嘉棟、林全等人給予學理上的支持，但是終究擋不住十幾天股票跌停板的壓力，也該他們這一群學界素人上了一課「政治經濟學」。然後，政府成立了第二次賦稅改革委員會，當時還是副教授的他與許嘉棟、林全共同擔任研究委員。新書中第七章提到，鑑於健全財政是一切建設的基礎，他於2008年馬英九勝選之後，建議成立第三次賦稅改革委員會。
結果，雖然賦改會成立了，但是馬英九卻弄了一個非牛非馬的、完全扭曲立意的賦改會。最後，因為降遺贈稅的重大意見歧異，朱敬一與另一位資深財政學界大老陳聽安，一起辭去賦改會委員，並公開為文〈菩薩變門神〉痛斥馬政府踐踏專業與知識份子。
他當時引用余英時院士所言，政客視學者如蔽屣，學者就會讓政客不時感到「芒刺在背」。朱敬一直言，面對政府不當政策，做為知識份子扮演「芒刺」角色，他從不猶豫。
