台灣漁業因非法捕撈事件頻繁，曾於2015年遭歐盟發黃牌警告，若未做出改善，歐盟市場可能施以經濟制裁，禁止進口台灣海鮮。對此漁業署過去2年多來在法規上力求改善，綠色和平也於2017年2月至5月間，調查全球非法漁業，發現至少有10艘台灣籍漁船未登記於印度洋鮪類委員會（Indian Ocean Tuna Commission, OTC），卻仍長時間未經核准在印度洋從事漁撈作業。
綠色和平海洋專案負責人李宜蕎表示，去年他們已經發現監測中心無法監管非法轉載漁獲，這次調查結果更顯示，有些漁船在中西太平洋漁業委員會（Western and Central Pacific Fisheries Commission, WCPFC）有登錄資料，漁業署應可是可掌握這些漁船資訊，然而監控系統卻發現這些不在IOTC 2017年與2018年漁船名單的漁船，竟然出現在印度洋，時間甚至長達近1年之久，即使漁業署核對名單後也仍有出入，希望漁業署儘快確認漁船是否違規並確實執法。
權宜船管理國籍混亂 台灣若缺國際合作恐難監管
另外綠色和平也發現疑似違規的權宜船，不但船名混亂，國籍轉換資訊也不清楚，由於權宜船是登記於船籍國，由船籍國規管，台灣若缺少與國際間的監管合作，即使修訂通過《投資經營國籍漁船管理條例》將罰則提高到與《遠洋漁業條例》一致，也只能流於形式，難以實際執行。
綠色和平已經提交漁船名單供漁業署查核是否實屬違規，並呼籲漁業署嚴厲執法，除了加強與國際間的監管合作，了解他國的作業規範與法規，可在每艘漁船增設國際識別碼，如水上行動業務識別碼（Maritime Mobile Service Identity, MMSI）或IMO，並與船籍國通力合作，防止非法漁業發生，儘早讓臺灣脫離黃牌，以保障合法漁船的權益。
